ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ MethyMer ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ MethyMer ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ພາບຫນ້າຈໍ:
ເມທີເມີ
DESCRIPTION:
MethyMer ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ໃຊ້ Python ເພື່ອແນໃສ່ເລືອກ primers ສະເພາະສໍາລັບການຂະຫຍາຍເກາະ CpG ທີ່ສົມບູນ. ພາກພື້ນເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນມີຄວາມຫຍຸ້ງຍາກໃນແງ່ຂອງການເລືອກ primers ທີ່ເຫມາະສົມເນື່ອງຈາກຄວາມຊັບຊ້ອນຕ່ໍາ, polyN-, CG-ອຸດົມສົມບູນ, ແລະອື່ນໆ.
MethyMer ມີລະບົບການໃຫ້ຄະແນນທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນສາມາດເລືອກ primers ໃນພາກພື້ນທີ່ມີບັນຫາ (ເຊັ່ນ: ເກາະ SpG) ແລະປະກອບມີການທົດສອບສະເພາະ (ອີງຕາມການສອດຄ່ອງ bowtie ຕໍ່ກັບ genome ທີ່ໄດ້ຮັບການປິ່ນປົວດ້ວຍ bisulfite).
ມັນຍັງລວມເອົາຂໍ້ມູນ TCGA CpG methylation (microarrays) ແລະການສະແດງອອກຂອງ gene (RNA-Seq), ເຊັ່ນດຽວກັນກັບຜົນການວິເຄາະຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຂອງ methylation-expression ສໍາລັບ 20 ປະເພດມະເຮັງຂອງມະນຸດ.
ຂໍ້ມູນຄຳອະທິບາຍປະກອບຂອງພາກພື້ນ genome ENCODE ຍັງຖືກລວມເຂົ້າໃນ MethyMer
ຄຸນລັກສະນະ
- ເລືອກເອົາການປະສົມຂອງຄູ່ primer ທີ່ສາມາດຂະຫຍາຍເກາະ CpG ຄົບຖ້ວນສົມບູນຫຼືພາກພື້ນ genomic ເປົ້າຫມາຍອື່ນໆ;
- ລະບົບການໃຫ້ຄະແນນທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້ ແລະປ່ຽນແປງໄດ້
- ການທົດສອບສະເພາະ
- ຂໍ້ມູນ CpG methylation ປະສົມປະສານ (Illumina Infinium Human Methylation 450K microarrays) ສໍາລັບ 20 ປະເພດ tumor, ໄດ້ມາຈາກ TCGA
- TCGA RNA-Seq ປະສົມປະສານ - CpG methylation ສະມາຄົມສຶກສາຂໍ້ມູນ
- ການສະແດງພາບ: ແຜນຜັງເນື້ອໃນ CG, ແຜນຜັງຄະແນນ, ແຜນຜັງສະເພາະຂອງ primer, ENCODE genome annotation, ຂໍ້ມູນ TCGA
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Console/Terminal
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Python
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/methymer/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.