ecoPCR - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ecoPCR - നൽകിയിരിക്കുന്ന പ്രൈമറുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ക്രമവും ടാക്സോണമി ഹൈബ്രിഡിംഗും തിരയുന്നു

സിനോപ്സിസ്

ഇക്കോപിസിആർ [ഓപ്ഷനുകൾ] <ന്യൂക്ലിയോടൈഡിക് പാറ്റേണുകൾ>

വിവരണം

LECA, Helix-Project എന്നിവ വികസിപ്പിച്ചെടുത്ത ഒരു ഇലക്ട്രോണിക് PCR സോഫ്റ്റ്‌വെയറാണ് ecoPCR. അത് സഹായിക്കുന്നു
ബാർകോഡ് പ്രൈമറുകളുടെ ഗുണനിലവാരം കണക്കാക്കുക.

ഓപ്ഷനുകൾ

-a : Tm കംപ്യൂട്ടേഷനായി M-ൽ ഉപ്പ് സാന്ദ്രത (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.05 M)

-c : ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസുകൾ [c]വൃത്താകൃതിയിലുള്ളതാണെന്ന് പരിഗണിക്കുക

-d : [D]അറ്റാബേസ് : പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഫോർമാറ്റ് ഡാറ്റാബേസുമായി പൊരുത്തപ്പെടാൻ
ആദ്യം രൂപീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട് ഇക്കോപിസിആർ ഫോർമാറ്റ്(1) പ്രോഗ്രാം. ഇക്കോപിസിആർ ഫോർമാറ്റ്(1) സൃഷ്ടിക്കുന്നു
മൂന്ന് ഫയൽ തരങ്ങൾ:

.sdx : സീക്വൻസുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു

.tdx : ടാക്സോണമിയെ സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു

.rdx : ടാക്സോണമി റാങ്ക് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു

ecoPCR-ന് എല്ലാ ഫയൽ തരവും ആവശ്യമാണ്. തൽഫലമായി, നിങ്ങൾ ഡാറ്റാബേസ് റാഡിക്കൽ എഴുതേണ്ടതുണ്ട്
ഒരു വിപുലീകരണവുമില്ലാതെ. ഉദാഹരണത്തിന് /ecoPCRDB/gbmam

-D : സിലിക്കോയിലെ ഓരോ വശത്തും ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ നിശ്ചിത എണ്ണം നിലനിർത്തുന്നു
ആംപ്ലിഫൈഡ് സീക്വൻസുകൾ (ആംപ്ലിഫൈഡ് ഡിഎൻഎ ശകലവും രണ്ട് ലക്ഷ്യവും ഉൾപ്പെടെ
പ്രൈമറുകളുടെ ക്രമങ്ങൾ).

-e : [E]പിശക് : ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അനുവദിച്ച പരമാവധി പിശകുകൾ (സ്വതവേ 0)

-h : [H]സഹായം - പ്രിന്റ് സഹായം

-i : [ഞാൻ] നൽകിയിരിക്കുന്ന ടാക്സോണമി ഐഡി അവഗണിക്കുന്നു.
ecofind പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് ടാക്സോണമി ഐഡി ലഭ്യമാണ്. ecofind ടൈപ്പുചെയ്യുന്നതിനുള്ള അതിന്റെ സഹായം കാണുക
-h കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

-k : [K]ഇംഗ്‌ഡം മോഡ്: കിംഗ്‌ഡം മോഡ് സജ്ജമാക്കുക
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി സൂപ്പർ കിംഗ്ഡം മോഡ്.

-l : മിനിമം [L] നീളം : ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ആംപ്ലിക്കേഷൻ ദൈർഘ്യം നിർവ്വചിക്കുക.

-L : പരമാവധി [L] നീളം : പരമാവധി ആംപ്ലിക്കേഷൻ ദൈർഘ്യം നിർവ്വചിക്കുക.

-m : Tm കംപ്യൂട്ടേഷനായുള്ള ഉപ്പ് തിരുത്തൽ രീതി (സന്തലൂസിയ : 1
അല്ലെങ്കിൽ OWCZARZY:2, default=1)

-r : [R] നൽകിയിരിക്കുന്ന ടാക്സോണമിക് ഐഡിയിലേക്ക് തിരയലിനെ പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു.
ecofind പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് ടാക്സോണമി ഐഡി ലഭ്യമാണ്. ecofind ടൈപ്പുചെയ്യുന്നതിനുള്ള അതിന്റെ സഹായം കാണുക
-h കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

ആദ്യ വാദം : നേരിട്ടുള്ള സ്ട്രോണ്ടിനുള്ള ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്

രണ്ടാമത്തെ വാദം: റിവേഴ്സ് സ്ട്രോണ്ടിനുള്ള ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്

പട്ടിക ഫല വിവരണം:

കോളം 1: പ്രവേശന നമ്പർ

കോളം 2: ക്രമ ദൈർഘ്യം

കോളം 3: ടാക്സോണമിക് ഐഡി

കോളം 4: റാങ്ക്

കോളം 5: സ്പീഷീസ് ടാക്സോണമിക് ഐഡി

കോളം 6: ശാസ്ത്രീയ നാമം

കോളം 7 : ജനുസ് ടാക്സോണമിക് ഐഡി

കോളം 8: ജനുസ് നാമം

കോളം 9: ഫാമിലി ടാക്സോണമിക് ഐഡി

കോളം 10: കുടുംബപ്പേര്

കോളം 11: സൂപ്പർ കിംഗ്ഡം ടാക്സോണമിക് ഐഡി

കോളം 12: സൂപ്പർ കിംഗ്ഡത്തിന്റെ പേര്

കോളം 13 : സ്ട്രാൻഡ് (നേരിട്ട് അല്ലെങ്കിൽ റിവേഴ്സ്)

കോളം 14 : ആദ്യത്തെ ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്

കോളം 15 : ആദ്യത്തെ സ്ട്രോണ്ടിനുള്ള പിശകുകളുടെ എണ്ണം

കോളം 16 : ഈ സൈറ്റിലെ പ്രൈമർ 1 ന്റെ ഹൈബ്രിഡൈസേഷനായി Tm

കോളം 17 : രണ്ടാമത്തെ ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്

കോളം 18 : രണ്ടാമത്തെ സ്ട്രോണ്ടിനുള്ള പിശകുകളുടെ എണ്ണം

കോളം 19 : ഈ സൈറ്റിലെ പ്രൈമർ 1 ന്റെ ഹൈബ്രിഡൈസേഷനായി Tm

കോളം 20 : ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ നീളം

കോളം 21: ക്രമം

കോളം 22: നിർവചനം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ecoPCR ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക