Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന gmx-ഡെൻസിറ്റി കമാൻഡ് ഇതാണ്.
പട്ടിക:
NAME
gmx-ഡെൻസിറ്റി - സിസ്റ്റത്തിന്റെ സാന്ദ്രത കണക്കാക്കുക
സിനോപ്സിസ്
gmx സാന്ദ്രത [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ഇഐ [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [- കൂടുകൾ ] [-ng ] [-[ഇല്ല]കേന്ദ്രം]
[-[ഇല്ല]sym] [-[ഇല്ല] ബന്ധു]
വിവരണം
gmx സാന്ദ്രത ഒരു സൂചിക ഫയൽ ഉപയോഗിച്ച് ബോക്സിലുടനീളം ഭാഗിക സാന്ദ്രത കണക്കാക്കുന്നു.
NPT സിമുലേഷനുകളുടെ മൊത്തം സാന്ദ്രതയ്ക്ക്, ഉപയോഗിക്കുക gmx ഊര്ജം പകരം.
ഓപ്ഷൻ -കേന്ദ്രം ഒരു അനിയന്ത്രിതമായ കേന്ദ്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ബിന്നിംഗ് നടത്തുന്നു
ഗ്രൂപ്പ്, കേവല ബോക്സ് കോർഡിനേറ്റുകളിൽ. നിങ്ങൾ Z ആക്സിസ് ബോക്സിൽ പ്രൊഫൈലുകൾ കണക്കാക്കുകയാണെങ്കിൽ
ഡൈമൻഷൻ bZ, ഔട്ട്പുട്ട് -bZ/2 മുതൽ bZ/2 വരെ ആയിരിക്കും, നിങ്ങൾ മുഴുവൻ സിസ്റ്റത്തെയും അടിസ്ഥാനമാക്കി കേന്ദ്രീകരിച്ചാൽ.
GROMACS 5.0-ൽ ഈ സ്വഭാവം മാറിയിരിക്കുന്നു എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക; മുമ്പത്തെ പതിപ്പുകൾ കേവലം അവതരിപ്പിച്ചു a
(0,bZ) ൽ സ്റ്റാറ്റിക് ബിന്നിംഗ് ചെയ്ത് ഔട്ട്പുട്ട് മാറ്റി. ഇപ്പോൾ ഞങ്ങൾ ഓരോ ഫ്രെയിമിനും കേന്ദ്രം കണക്കാക്കുന്നു
ബിൻ ഇൻ (-bZ/2,bZ/2).
ഓപ്ഷൻ -symm കേന്ദ്രത്തിന് ചുറ്റുമുള്ള ഔട്ട്പുട്ടിനെ സമമിതിപ്പെടുത്തുന്നു. ഇത് സ്വയമേവ ഓണാകും
-കേന്ദ്രം അതും. ഓപ്ഷൻ - ബന്ധു കേവല ബോക്സിന് പകരം ആപേക്ഷികമായി ബിന്നിംഗ് നടത്തുന്നു
ഔട്ട്‌പുട്ടിനൊപ്പം ശരാശരി ബോക്സ് അളവ് ഉപയോഗിച്ച് അന്തിമ ഔട്ട്പുട്ടിനെ ഏകോപിപ്പിക്കുകയും സ്കെയിൽ ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
അച്ചുതണ്ട്. ഇതുമായി സംയോജിപ്പിച്ച് ഉപയോഗിക്കാം -കേന്ദ്രം.
സാന്ദ്രത കിലോഗ്രാം/m^3-ലാണ്, സംഖ്യ സാന്ദ്രതയോ ഇലക്ട്രോൺ സാന്ദ്രതയോ ആകാം
കണക്കാക്കിയത്. ഇലക്ട്രോൺ സാന്ദ്രതയ്ക്കായി, ഓരോന്നിനും ഇലക്ട്രോണുകളുടെ എണ്ണം വിവരിക്കുന്ന ഒരു ഫയൽ
ഉപയോഗിച്ച് ആറ്റത്തിന്റെ തരം നൽകണം -ഇഐ. ഇത് ഇതുപോലെ ആയിരിക്കണം:
2
ആറ്റത്തിന്റെ പേര് = nrelectrons
ആറ്റത്തിന്റെ പേര് = nrelectrons
ഫയലിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട വരികളുടെ എണ്ണം ആദ്യ വരിയിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. ഒന്ന് ഉണ്ടായിരിക്കണം
നിങ്ങളുടെ സിസ്റ്റത്തിലെ ഓരോ അദ്വിതീയ ആറ്റത്തിന്റെ പേരിനുമുള്ള ലൈൻ. ഓരോ ആറ്റത്തിനും ഇലക്ട്രോണുകളുടെ എണ്ണം
അതിന്റെ ആറ്റോമിക് ഭാഗിക ചാർജിൽ മാറ്റം വരുത്തി.
ബിലേയറുകൾക്കുള്ള പ്രധാന പരിഗണനകൾ
വിവിധ ഗ്രൂപ്പുകളുടെ സാന്ദ്രത കണക്കാക്കുക എന്നതാണ് ഏറ്റവും സാധാരണമായ ഉപയോഗ സാഹചര്യങ്ങളിലൊന്ന്
ഒരു ലിപിഡ് ദ്വിതലത്തിൽ ഉടനീളം, സാധാരണയായി z അക്ഷം സാധാരണ ദിശയാണ്. ചുരുക്കത്തിൽ
സിമുലേഷനുകൾ, ചെറിയ സിസ്റ്റങ്ങൾ, നിശ്ചിത ബോക്സ് വലുപ്പങ്ങൾ എന്നിവ ഇത് നന്നായി പ്രവർത്തിക്കും, എന്നാൽ കൂടുതൽ കാര്യങ്ങൾക്ക്
ജനറൽ കേസ് ലിപിഡ് ബൈലെയറുകൾ സങ്കീർണ്ണമായേക്കാം. രണ്ടും ഉള്ളപ്പോൾ ആദ്യത്തെ പ്രശ്നം
പ്രോട്ടീനുകൾക്കും ലിപിഡുകൾക്കും കുറഞ്ഞ വോളിയം കംപ്രസിബിലിറ്റിയുണ്ട്, ലിപിഡുകൾക്ക് ഉയർന്ന വിസ്തീർണ്ണമുണ്ട്
കംപ്രസിബിലിറ്റി. ഇതിനർത്ഥം ബോക്സിന്റെ ആകൃതി (കട്ടിയും വിസ്തീർണ്ണവും/ലിപിഡും) ഏറ്റക്കുറച്ചിലുണ്ടാകുമെന്നാണ്
പൂർണ്ണമായും വിശ്രമിക്കുന്ന സംവിധാനത്തിന് പോലും. GROMACS ഇടയിൽ പെട്ടി സ്ഥാപിക്കുന്നതിനാൽ
ഉത്ഭവവും പോസിറ്റീവ് കോർഡിനേറ്റുകളും, ഇത് അർത്ഥമാക്കുന്നത് ബോക്സിൽ കേന്ദ്രീകരിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു ബൈലെയർ എന്നാണ്
ഈ ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കാരണം അൽപ്പം മുകളിലേക്കും താഴേക്കും നീങ്ങുകയും നിങ്ങളുടെ പ്രൊഫൈൽ സ്മിയർ ചെയ്യുകയും ചെയ്യും. ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ളത്
ഇത് പരിഹരിക്കാനുള്ള വഴി (നിങ്ങൾക്ക് പ്രഷർ കപ്ലിംഗ് വേണമെങ്കിൽ) ഉപയോഗിക്കുക എന്നതാണ് -കേന്ദ്രം ഓപ്ഷൻ
ബോക്സിന്റെ മധ്യഭാഗവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് സാന്ദ്രത പ്രൊഫൈൽ കണക്കാക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് കഴിയുമെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
നിങ്ങൾക്ക് ഒരു സങ്കീർണ്ണമായ നോൺ-സിമെട്രിക് സിസ്റ്റം ഉണ്ടെങ്കിൽപ്പോലും ദ്വിതല ഭാഗത്ത് കേന്ദ്രീകരിക്കുക
ദ്വിതലം, പറയുക, മെംബ്രൻ പ്രോട്ടീനുകൾ - അപ്പോൾ നമ്മുടെ ഔട്ട്‌പുട്ടിന് ഒന്നിൽ കൂടുതൽ മൂല്യങ്ങൾ ഉണ്ടാകും
(മധ്യത്തിൽ) ഉത്ഭവ പരാമർശത്തിന്റെ വശം.
കേന്ദ്രീകൃതമായ കണക്കുകൂട്ടൽ പോലും ഔട്ട്പുട്ട് പ്രൊഫൈലുകളെ ചില സ്മിയറിംഗിലേക്ക് നയിക്കും
ലിപിഡുകൾ സ്വയം കംപ്രസ് ചെയ്യുകയും വികസിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. മിക്ക കേസുകളിലും നിങ്ങൾ ഇത് ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം (മുതൽ
ഇത് മാക്രോസ്കോപ്പിക് പരീക്ഷണങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു), എന്നാൽ നിങ്ങൾക്ക് തന്മാത്രാ വിശദാംശങ്ങൾ നോക്കണമെങ്കിൽ
നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാം - ബന്ധു വോളിയത്തിന്റെ കൂടുതൽ ഇഫക്റ്റുകൾ നീക്കം ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷൻ
ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ.
അവസാനമായി, ഉപരിതല പിരിമുറുക്കത്തിന് വിധേയമല്ലാത്ത വലിയ ദ്വിതലങ്ങൾ അനിയന്ത്രിതമായി പ്രകടമാക്കും
ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ, സിസ്റ്റത്തിൽ 'തരംഗങ്ങൾ' രൂപപ്പെടുന്നിടത്ത്. ഇത് അടിസ്ഥാനപരമാണ്
ബയോളജിക്കൽ സിസ്റ്റത്തിന്റെ സ്വത്ത്, നിങ്ങൾ പരീക്ഷണങ്ങളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുകയാണെങ്കിൽ
അണ്ടൂലേഷൻ സ്മിയറിങ് ഇഫക്റ്റ് ഉൾപ്പെടുത്താൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ
-ഇഐ [<.dat>] (electrons.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:
-o [<.xvg>] (density.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ
മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:
-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).
-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).
-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക
-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ
-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല
-d (Z)
X, Y അല്ലെങ്കിൽ Z ദിശയിലുള്ള മെംബ്രണിലെ സാധാരണ എടുക്കുക.
-sl (50)
ഈ എണ്ണം സ്ലൈസുകളായി ബോക്സ് വിഭജിക്കുക.
- കൂടുകൾ (പിണ്ഡം)
സാന്ദ്രത: പിണ്ഡം, സംഖ്യ, ചാർജ്, ഇലക്ട്രോൺ
-ng (1)
സാന്ദ്രത കണക്കാക്കേണ്ട ഗ്രൂപ്പുകളുടെ എണ്ണം.
-[ഇല്ല]കേന്ദ്രം (അല്ല)
(മാറുന്ന) ബോക്സിന്റെ മധ്യഭാഗവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ബിന്നിംഗ് നടത്തുക. വേണ്ടി ഉപയോഗപ്രദമാണ്
രണ്ട് പാളികൾ.
-[ഇല്ല]sym (അല്ല)
കേന്ദ്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അച്ചുതണ്ടിനൊപ്പം സാന്ദ്രത സമമിതിയാക്കുക. വേണ്ടി ഉപയോഗപ്രദമാണ്
രണ്ട് പാളികൾ.
-[ഇല്ല] ബന്ധു (അല്ല)
ബോക്സുകൾ മാറ്റുന്നതിനും ശരാശരി അളവുകൾ അനുസരിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് സ്കെയിൽ ചെയ്യുന്നതിനും ആപേക്ഷിക കോർഡിനേറ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കുക.
അറിയപ്പെടുന്നത് ISSUES
ഇലക്ട്രോൺ സാന്ദ്രത കണക്കാക്കുമ്പോൾ, തരങ്ങൾക്ക് പകരം ആറ്റംനാമങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഇത് മോശമാണ്.
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-density ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക