ഉബുണ്ടു ഓൺലൈൻ, ഫെഡോറ ഓൺലൈൻ, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന gmx-densorder എന്ന കമാൻഡാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
gmx-densorder - ഉപരിതല ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കണക്കാക്കുക
സിനോപ്സിസ്
gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-അഥവാ [<.out> [...]]] [-ഒഗ് [<.xpm> [...]]]
[-സ്പെക്റ്റ് [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-[no]1d] [-bw ]
[-bwn ] [- ഓർഡർ ] [-ആക്സിസ് ]
[- രീതി ] [-ഡി 1 ] [-ഡി 2 ]
[-tblock ] [-നില ]
വിവരണം
gmx സാന്ദ്രത ഒരു അച്ചുതണ്ടിലൂടെയുള്ള രണ്ട്-ഘട്ട സാന്ദ്രത വിതരണം കുറയ്ക്കുന്നു, ഒരു എം.ഡി
ഒരു ഫങ്ഷണൽ പ്രൊഫൈലിലേക്ക് യോജിപ്പിച്ച്, സമയത്തിൽ ചാഞ്ചാടുന്ന 2D പ്രതലങ്ങളിലേക്കുള്ള പാത
ഇന്റർഫേഷ്യൽ സാന്ദ്രത. ഇന്റർഫേസുകളുടെ സമയ-ശരാശരി സ്പേഷ്യൽ പ്രാതിനിധ്യം ആകാം
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് -tavg.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി
-n [<.ndx>] (index.ndx)
സൂചിക ഫയൽ
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ
-അഥവാ [<.out> [...]] (hello.out) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ
-ഒഗ് [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ
-സ്പെക്റ്റ് [<.out> [...]] (intfspect.out) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ
മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:
-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).
-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).
-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക
-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ
-[no]1d (അല്ല)
സ്യൂഡോ-1d ഇന്റർഫേസ് ജ്യാമിതി
-bw (0.2)
ഇന്റർഫേസിലേക്കുള്ള സാന്ദ്രത വിതരണത്തിന്റെ ബിൻവിഡ്ത്ത്
-bwn (0.05)
ഇന്റർഫേസിലേക്കുള്ള സാന്ദ്രത വിതരണത്തിന്റെ ബിൻവിഡ്ത്ത് സാധാരണമാണ്
- ഓർഡർ (0)
ഗാസിയൻ ഫിൽട്ടറിന്റെ ക്രമം, ഓർഡർ 0 എന്നത് ഫിൽട്ടറിംഗ് ഇല്ല എന്നതിന് തുല്യമാണ്
-ആക്സിസ് (Z)
അച്ചുതണ്ട് ദിശ - X, Y അല്ലെങ്കിൽ Z
- രീതി (വിഭജനം)
ഇന്റർഫേസ് ലൊക്കേഷൻ രീതി: ബൈസെക്റ്റ്, ഫങ്ഷണൽ
-ഡി 1 (0)
ബൾക്ക് ഡെൻസിറ്റി ഫേസ് 1 (ചെറിയ z ൽ)
-ഡി 2 (1000)
ബൾക്ക് ഡെൻസിറ്റി ഫേസ് 2 (വലിയ z ൽ)
-tblock (100)
ഒരു ടൈം ബ്ലോക്ക് ശരാശരിയിലെ ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം
-നില (100)
2D - XPixMaps-ലെ ഉയരം ലെവലുകളുടെ എണ്ണം
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-densorder ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക