gmx-nmeig - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-nmeig - സാധാരണ മോഡ് വിശകലനത്തിനായി ഹെസ്സിയൻ ഡയഗണലൈസ് ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-ഓഫ് [<.xvg>]] [-ഓൾ [<.xvg>]]
[-ഓസ് [<.xvg>]] [-ക്യുസി [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[ഇല്ല] എം] [-ആദ്യം ] [-അവസാനത്തെ ]
[-മാക്സ്സ്പെക്ക് ] [-T ] [-[ഇല്ല] constr] [- വീതി ]

വിവരണം

gmx nmeig ഒരു (ഹെസിയൻ) മാട്രിക്സിന്റെ ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ/മൂല്യങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നു, അത്
ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കുന്നു gmx mdrun. ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഒരു ട്രാജക്‌ടറി ഫയലിൽ എഴുതിയിരിക്കുന്നു (-v). എസ്
ഘടന ആദ്യം എഴുതുന്നത് t=0 ഉപയോഗിച്ചാണ്. ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഫ്രെയിമുകളായി എഴുതിയിരിക്കുന്നു
ടൈംസ്റ്റാമ്പായി ഈജൻ വെക്റ്റർ നമ്പർ. ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വിശകലനം ചെയ്യാം gmx അനേഗ്. ഒരു
ഈജൻ വെക്റ്ററുകളിൽ നിന്ന് ഘടനകളുടെ സമന്വയം സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും gmx nmens. എപ്പോൾ പിണ്ഡം
വെയ്റ്റിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു, ജനറേറ്റഡ് ഐജൻ വെക്റ്ററുകൾ പ്ലെയിൻ കാർട്ടീഷ്യനിലേക്ക് സ്കെയിൽ ചെയ്യും
ഔട്ട്പുട്ട് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് കോർഡിനേറ്റ് ചെയ്യുന്നു. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, അവർ ഇനി കൃത്യമായിരിക്കില്ല
സ്റ്റാൻഡേർഡ് കാർട്ടീഷ്യൻ മാനദണ്ഡത്തിൽ ഓർത്തോഗണൽ, എന്നാൽ മാസ്-വെയ്റ്റഡ് മാനദണ്ഡത്തിൽ അവ ആയിരിക്കും.

ഈ പ്രോഗ്രാം ഓപ്ഷണലായി ക്വാണ്ടം തിരുത്തലുകൾ ഹീറ്റ് കപ്പാസിറ്റിയിലേക്ക് കണക്കാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാം
ഒരു അധിക ഫയൽ ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിക്കൊണ്ട് enthalpy -qcorr. GROMACS മാനുവൽ, അദ്ധ്യായം 1 കാണുക,
വിശദാംശങ്ങൾക്ക്. തന്നിരിക്കുന്നതിലെ സ്വാതന്ത്ര്യത്തിന്റെ ഹാർമോണിക് ഡിഗ്രി കുറയ്ക്കുന്നത് ഫലത്തിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു
താപനില. മൊത്തം തിരുത്തൽ ടെർമിനൽ സ്ക്രീനിൽ പ്രിന്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു. ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന വഴി
തിരുത്തലുകൾ പുറത്തെടുക്കുന്നത് ഇതാണ്:

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -ആദ്യം 7 -അവസാനത്തെ 10000 -T 300 -ക്യുസി [-constr]

ദി - constr സിമുലേഷൻ സമയത്ത് ബോണ്ട് നിയന്ത്രണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കണം
വേണ്ടി എല്ലാം The കോവാലന്റ് ബോണ്ടുകൾ. ഇത് അങ്ങനെയല്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ വിശകലനം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്
quant_corr.xvg സ്വയം ഫയൽ ചെയ്യുക.

കാര്യങ്ങൾ കൂടുതൽ അയവുള്ളതാക്കാൻ, പ്രോഗ്രാമിന് വെർച്വൽ സൈറ്റുകൾ എപ്പോൾ കണക്കിലെടുക്കാനും കഴിയും
ക്വാണ്ടം തിരുത്തലുകൾ കമ്പ്യൂട്ടിംഗ് തിരഞ്ഞെടുക്കുമ്പോൾ - constr ഒപ്പം -ക്യുസി, -ആരംഭിക്കുന്നു ഒപ്പം -അവസാനിക്കുന്നു ഓപ്ഷനുകൾ
ഓട്ടോമാറ്റിക്കായി സജ്ജീകരിക്കുകയും ചെയ്യും. വീണ്ടും, നിങ്ങൾക്കത് നന്നായി അറിയാമെന്ന് നിങ്ങൾ കരുതുന്നുവെങ്കിൽ, ദയവായി പരിശോധിക്കുക
The eigenfreq.xvg .ട്ട്‌പുട്ട്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
ഹെസ്സിയൻ മാട്രിക്സ്

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-ഓഫ് [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓൾ [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓസ് [<.xvg>] (spectrum.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ക്യുസി [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[ഇല്ല] എം (അതെ)
ഹെസ്സിയാൻ മൂലകങ്ങളുടെ ഉൽപ്പന്നം കൊണ്ട് വിഭജിക്കുക ചതുരശ്ര(പിണ്ഡം) മുമ്പ് ഉൾപ്പെട്ട ആറ്റങ്ങളുടെ
ഡയഗണലൈസേഷൻ. ഇത് 'സാധാരണ മോഡുകൾ' വിശകലനത്തിനായി ഉപയോഗിക്കണം

-ആദ്യം (1)
എഴുതിത്തള്ളുന്ന ആദ്യത്തെ ഈജൻ വെക്റ്റർ

-അവസാനത്തെ (50)
എഴുതാനുള്ള അവസാന ഈജൻ വെക്റ്റർ

-മാക്സ്സ്പെക്ക് (4000)
സ്പെക്ട്രത്തിൽ പരിഗണിക്കേണ്ട ഏറ്റവും ഉയർന്ന ആവൃത്തി (1/സെ.മീ.).

-T (298.15)
സാധാരണ മോഡ് ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ ക്വാണ്ടം ഹീറ്റ് കപ്പാസിറ്റിയും എൻതാൽപ്പിയും കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള താപനില
ക്ലാസിക്കൽ സിമുലേഷനുകൾ ശരിയാക്കുന്നതിനുള്ള കണക്കുകൂട്ടലുകൾ

-[ഇല്ല] constr (അല്ല)
സിമുലേഷനിൽ നിയന്ത്രണങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ചിരുന്നുവെങ്കിലും സാധാരണ മോഡ് വിശകലനത്തിൽ അല്ല
(ഇത് ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ശുപാർശിത മാർഗമാണ്) നിങ്ങൾ ഇത് കമ്പ്യൂട്ടിംഗിനായി സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട്
ക്വാണ്ടം തിരുത്തലുകൾ.

- വീതി (1)
ഒരു സ്പെക്ട്രം സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ ഗോസിയൻ കൊടുമുടികളുടെ (1/സെ.മീ) വീതി (സിഗ്മ)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-nmeig ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക