gmx-vanhove - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-vanhove - വാൻ ഹോവ് സ്ഥാനചലനവും പരസ്പര ബന്ധ പ്രവർത്തനങ്ങളും കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx വാൻഹോവ് [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ഓം [<.xpm>]] [-അഥവാ [<.xvg>]] [-അല്ല [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ]
[- ചതുരശ്ര ] [-എഫ്എം ] [-rmax ] [-ആർബിൻ ]
[പരമാവധി ] [- ലെവലുകൾ ] [-nr ] [-fr ]
[-rt ] [-അടി ]

വിവരണം

gmx വാൻഹോവ് വാൻ ഹോവ് കോറിലേഷൻ ഫംഗ്ഷൻ കണക്കാക്കുന്നു. വാൻ ഹോവ് G(r,t) ആണ്
പൂജ്യത്തിൽ r_0-ൽ ഉള്ള ഒരു കണിക r_0+r എന്ന സ്ഥാനത്ത് കാണാനുള്ള സാധ്യത
സമയം ടി. gmx വാൻഹോവ് ഒരു വെക്റ്റർ r ന് വേണ്ടിയല്ല, r ന്റെ നീളത്തിനാണ് G നിർണ്ണയിക്കുന്നത്. അങ്ങനെ അത്
t എന്ന സമയത്ത് ഒരു കണിക r ന്റെ ദൂരം നീങ്ങാനുള്ള സാധ്യത നൽകുന്നു. കുറുകെ ചാടുന്നു
ആനുകാലിക അതിരുകൾ നീക്കം ചെയ്യുന്നു. ഐസോട്രോപിക് അല്ലെങ്കിൽ സ്കെയിലിംഗിനായി തിരുത്തലുകൾ നടത്തുന്നു
അനിസോട്രോപിക് പ്രഷർ കപ്ലിംഗ്.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -ഓം മുഴുവൻ മാട്രിക്സും t, r എന്നിവയുടെ ഫംഗ്‌ഷൻ ആയി അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഫംഗ്‌ഷൻ ആയി എഴുതാം
sqrt(t), r (ഓപ്ഷൻ - ചതുരശ്ര).

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -അഥവാ t യുടെ ഒന്നോ അതിലധികമോ മൂല്യങ്ങൾക്കായി വാൻ ഹോവ് ഫംഗ്‌ഷൻ പ്ലോട്ട് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു. ഓപ്ഷൻ -nr
തവണകളുടെ എണ്ണം, ഓപ്ഷൻ സജ്ജമാക്കുന്നു -fr സമയങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള സംഖ്യയുടെ അകലം. ബിൻവിഡ്ത്ത്
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു -ആർബിൻ. ബിന്നുകളുടെ എണ്ണം യാന്ത്രികമായി നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -അല്ല ഒരു നിശ്ചിത ദൂരം വരെ സമഗ്രമായത് (ഓപ്ഷൻ -rt) a ആയി പ്ലോട്ട് ചെയ്തിരിക്കുന്നു
സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനം.

വായിച്ച എല്ലാ ഫ്രെയിമുകൾക്കും തിരഞ്ഞെടുത്ത കണങ്ങളുടെ കോർഡിനേറ്റുകൾ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു
ഓർമ്മ. അതിനാൽ പ്രോഗ്രാം ധാരാളം മെമ്മറി ഉപയോഗിച്ചേക്കാം. ഓപ്ഷനുകൾക്കായി -ഓം ഒപ്പം -അല്ല The
പ്രോഗ്രാം മന്ദഗതിയിലായിരിക്കാം. കണക്കുകൂട്ടൽ ഫ്രെയിമുകളുടെ സമയങ്ങളുടെ എണ്ണമായി മാറുന്നതിനാലാണിത്
-എഫ്എം or -അടി. കൂടെ ശ്രദ്ധിക്കുക -dt മെമ്മറി ഉപയോഗവും കണക്കുകൂട്ടൽ സമയവും ആകാം
കുറച്ചു.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-ഓം [<.xpm>] (vanhove.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-അഥവാ [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-അല്ല [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

- ചതുരശ്ര (0)
sqrt(ps) ൽ ബിൻസ്‌പേസിംഗ് # എന്ന മാട്രിക്സ് അക്ഷത്തിൽ sqrt(t) ഉപയോഗിക്കുക

-എഫ്എം (0)
മാട്രിക്സിലെ ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം, 0 എന്നത് പ്ലോട്ട് എല്ലാം ആണ്

-rmax (2)
മാട്രിക്സിലെ പരമാവധി r (nm)

-ആർബിൻ (0.01)
മാട്രിക്‌സിലെ ബിൻവിഡ്ത്ത്, ഫോർ -അഥവാ (എൻഎം)

പരമാവധി (0)
മാട്രിക്സിലെ പരമാവധി സാന്ദ്രത, 0 എന്നത് കണക്കാക്കുന്നു (1/nm)

- ലെവലുകൾ (81)
മാട്രിക്സിലെ ലെവലുകളുടെ എണ്ണം

-nr (1)
അതിനുള്ള വളവുകളുടെ എണ്ണം -അഥവാ ഔട്ട്പുട്ട്

-fr (0)
അതിനുള്ള ഫ്രെയിം സ്പേസിംഗ് -അഥവാ ഔട്ട്പുട്ട്

-rt (0)
ഇതിനുള്ള സംയോജന പരിധി -അല്ല ഔട്ട്പുട്ട് (nm)

-അടി (0)
ലെ ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം -അല്ല ഔട്ട്പുട്ട്, 0 എന്നത് പ്ലോട്ട് എല്ലാം ആണ്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-vanhove ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക