gt-cds - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gt-cds - GFF3 ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന എക്സോൺ ഫീച്ചറുകളിലേക്ക് CDS (കോഡിംഗ് സീക്വൻസ്) ഫീച്ചറുകൾ ചേർക്കുക.

സിനോപ്സിസ്

gt cds [ഓപ്ഷൻ ...] [GFF3_file]

വിവരണം

-മൈനോർഫ്ലെൻ [മൂല്യം]
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുക, ഒരു ഓപ്പൺ റീഡിംഗ് ഫ്രെയിം (ORF) ഒരു CDS ആയി ചേർക്കേണ്ടതാണ്
സവിശേഷത (അമിനോ ആസിഡുകളിൽ അളക്കുന്നത്) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 64)

-സ്റ്റാർട്ട്കോഡൺ [അതെ|ഇല്ല]
ഒരു ORF ഒരു ആരംഭ കോഡണിൽ തുടങ്ങണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ഫൈനൽസ്റ്റോപ്പ്കോഡോൺ [അതെ|ഇല്ല]
അവസാന ORF ഒരു സ്റ്റോപ്പ് കോഡണിൽ അവസാനിക്കണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-seqfile [ഫയലിന്റെ പേര്]
സീക്വൻസുകൾ എടുക്കേണ്ട സീക്വൻസ് ഫയൽ സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-encseq [ഫയലിന്റെ പേര്]
സീക്വൻസുകൾ എടുക്കേണ്ട എൻകോഡ് ചെയ്ത സീക്വൻസ് ഇൻഡക്സ് നെയിം സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി:
നിർവചിക്കാത്തത്)

-seqfiles
ഉപയോഗിക്കുന്ന ഫീച്ചറുകൾ എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്യുന്നതിനുള്ള സീക്വൻസ് ഫയലുകൾ സജ്ജമാക്കുക -- ലിസ്റ്റ് അവസാനിപ്പിക്കാൻ
സീക്വൻസ് ഫയലുകളുടെ

-മാച്ച്ഡെസ്ക് [അതെ|ഇല്ല]
ആവശ്യമുള്ള സീക്വൻസ് ഐഡികൾക്കായി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളിൽ നിന്ന് സീക്വൻസ് വിവരണങ്ങൾ തിരയുക (ഇൻ
GFF3), ആദ്യ പൊരുത്തം റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-matchdescstart [അതെ|ഇല്ല]
ആവശ്യമുള്ള സീക്വൻസിനായുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളിൽ നിന്നുള്ള സീക്വൻസ് വിവരണങ്ങളുമായി കൃത്യമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തുക
ഐഡികൾ (GFF3-ൽ) തുടക്കം മുതൽ ആദ്യത്തെ വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ് വരെ (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-usedesc [അതെ|ഇല്ല]
സീക്വൻസ് ഐഡികൾ (GFF3-ൽ) യഥാർത്ഥ ശ്രേണിയിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്യാൻ സീക്വൻസ് വിവരണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
എൻട്രികൾ. ഒരു വിവരണത്തിൽ ഒരു ശ്രേണി ശ്രേണി അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ (ഉദാ, III:1000001..2000000),
ആദ്യ ഭാഗം സീക്വൻസ് ഐഡിയായി ഉപയോഗിക്കുന്നു (III) കൂടാതെ ഓഫ്‌സെറ്റായി ആദ്യ ശ്രേണി സ്ഥാനം
(1000001) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

- മേഖലാ മാപ്പിംഗ് [സ്ട്രിംഗ്]
സീക്വൻസ്-റീജിയൻ അടങ്ങുന്ന ഫയൽ സീക്വൻസ് ഫയൽ മാപ്പിംഗിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-v [അതെ|ഇല്ല]
വാചാലനായിരിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-o [ഫയലിന്റെ പേര്]
നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് റീഡയറക്ട് ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-ജിസിപ്പ് [അതെ|ഇല്ല]
gzip കംപ്രസ് ചെയ്ത ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-bzip2 [അതെ|ഇല്ല]
bzip2 കംപ്രസ് ചെയ്ത ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ശക്തിയാണ് [അതെ|ഇല്ല]
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് എഴുതാൻ നിർബന്ധിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ഹെൽപ്പ്
സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

-പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

ഓപ്‌ഷനുള്ള ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് - മേഖലാ മാപ്പിംഗ്:

ഓപ്ഷൻ -regionmapping-ലേക്ക് നൽകിയ ഫയൽ ഒരു "മാപ്പിംഗ്" നിർവചിക്കുന്നു. ഒരു മാപ്പിംഗ് മാപ്പ് ചെയ്യുന്നു
സീക്വൻസ് റീജിയൻ എൻട്രികൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു GFF3_file അടങ്ങുന്ന ഒരു സീക്വൻസ് ഫയലിലേക്ക്
അനുബന്ധ ക്രമം. മാപ്പിംഗുകൾ ഇനിപ്പറയുന്ന രണ്ട് ഫോമുകളിൽ ഒന്നിൽ നിർവചിക്കാം:

മാപ്പിംഗ് = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

ഫംഗ്‌ഷൻ മാപ്പിംഗ് (sequence_region)
തിരികെ "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
അവസാനിക്കുന്നു

ആദ്യത്തെ ഫോം ഒരു ലുവായെ നിർവചിക്കുന്നു (http://www.lua.org) ഓരോന്നും മാപ്പ് ചെയ്യുന്ന "മാപ്പിംഗ്" എന്ന് പേരുള്ള പട്ടിക
അനുബന്ധ സീക്വൻസ് ഫയലിലേക്കുള്ള സീക്വൻസ് റീജിയൻ. രണ്ടാമത്തേത് ഒരു Lua ഫംഗ്‌ഷൻ നിർവചിക്കുന്നു
"മാപ്പിംഗ്", ഇത് ഉപയോഗിച്ച് വിളിക്കുമ്പോൾ സീക്വൻസ് ഫയലിന്റെ പേര് തിരികെ നൽകണം
sequence_region വാദമായി.

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ

ബഗുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുകgt-users@genometools.org>.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gt-cds ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക