idfetch - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

idfetch - NCBI ID1 സെർവറിൽ നിന്ന് ബയോളജിക്കൽ ഡാറ്റ വീണ്ടെടുക്കുക

സിനോപ്സിസ്

idfetch [-] [-F str] [-G ഫയലിന്റെ പേര്] [-Q ഫയലിന്റെ പേര്] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l ഫയലിന്റെ പേര്] [-n] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-q str] [-s str] [-t N]

വിവരണം

idfetch എൻ‌സി‌ബി‌ഐയുടെ ഐ‌ഡി 1 സെർ‌വറിന്റെ ഒരു ക്ലയന്റാണ്, അതിൽ വ്യാഖ്യാനിച്ചതിന്റെ ഒരു വലിയ ഡാറ്റാബേസ് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ജൈവ ക്രമങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

- ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

-F str നിർദ്ദിഷ്ട ഫീച്ചർ തരങ്ങൾ ചേർക്കുക (കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ്); അനുവദനീയമായ മൂല്യങ്ങൾ CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA, microRNA.

-G ഫയലിന്റെ പേര്
ജിഐകളുടെ ലിസ്റ്റ്, (പതിപ്പ് ചെയ്‌ത) ആക്‌സഷനുകൾ, ഡംപ് ചെയ്യാനുള്ള ഫാസ്റ്റ സെക്ഐഡികൾ എന്നിവയുള്ള ഫയൽ

-Q ഫയലിന്റെ പേര്
എൻട്രസ് അന്വേഷണം വഴി ജിഐ ലിസ്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക ഫയലിന്റെ പേര്; ആവശ്യപ്പെടുന്നു -dn or -dp.

-c N പരമാവധി സങ്കീർണ്ണത:
0 മുഴുവൻ ബ്ലോബ് നേടുക (ഡിഫോൾട്ട്)
1 താൽപ്പര്യമുള്ള bioseq നേടുക
2 താൽപ്പര്യമുള്ള ബയോസെക് അടങ്ങിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ബയോസെക്-സെറ്റ് നേടുക
3 താൽപ്പര്യമുള്ള ബയോസെക് അടങ്ങിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ന്യൂക്-പ്രോട്ട് നേടുക
4 താൽപ്പര്യമുള്ള ബയോസെക് അടങ്ങിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ പബ്-സെറ്റ് നേടുക

-d str ഉപയോഗിക്കാനുള്ള ഡാറ്റാബേസ് (കൂടെ -q, ഒന്നുകിൽ ആകാം n ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്ക് അല്ലെങ്കിൽ p പ്രോട്ടീനുകൾക്ക്).

-e N എന്റിറ്റി നമ്പർ (വീണ്ടെടുക്കൽ നമ്പർ) ഡംപ് ചെയ്യാൻ

-f str പരന്ന SeqId. സാധ്യമായ ഫോർമാറ്റുകൾ:
ടൈപ്പ് ചെയ്യുക([പേര്[,[പ്രവേശനം[,[റിലീസ്[,പതിപ്പ്]]]) '5(HUMHBB)' ആയി
ടൈപ്പ് ചെയ്യുക=പ്രവേശനം
ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:അക്കം
(ടൈപ്പ് ചെയ്യുക ASN.1 Seq-id ഉപവിഭാഗത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന ഒരു സംഖ്യയാണ്.)

-g N ഡംപ് ചെയ്യാനുള്ള സിംഗിൾ എന്റിറ്റിക്കുള്ള ജിഐ ഐഡി

-i N തിരയലിന്റെ തരം:
0 സെക്-എൻട്രി നേടുക (ഡിഫോൾട്ട്)
1 GI നില നേടുക (stderr-ലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട്)
2 SeqIds നേടുക
3 ജിഐ ചരിത്രം നേടുക (ക്രമത്തിലുള്ള മാറ്റം മാത്രം)
4 പുനരവലോകന ചരിത്രം നേടുക (ASN.1 ലേക്ക് എന്തെങ്കിലും മാറ്റം)

-l ഫയലിന്റെ പേര്
ലോഗ് ഫയൽ

-n ജിഐകളുടെ ലിസ്റ്റ് മാത്രം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക (കൂടെ -q ഒപ്പം -Q).

-o ഫയലിന്റെ പേര്
ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ഫയലിന്റെ പേര് (ഡിഫോൾട്ട് = stdout)

-q str എൻട്രസ് ചോദ്യം വഴി ജി ലിസ്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക. ആവശ്യമാണ് -dn or -dp.

-s str ഫാസ്റ്റ ശൈലിയിലുള്ള SeqId ഉദ്ധരണികളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. ഫോർമാറ്റുകൾ:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|ആഗസ്റ്റ്|സ്ഥലം
emb|ആഗസ്റ്റ്|സ്ഥലം
പിർ|ആഗസ്റ്റ്|പേര്
sp|ആഗസ്റ്റ്|പേര്
പാട്|രാജ്യം|പേറ്റന്റ്|സെക്
ജി|int
dbj|ആഗസ്റ്റ്|സ്ഥലം
prf|ആഗസ്റ്റ്|പേര്
pdb|എൻട്രി|ചങ്ങല

-t N Put ട്ട്‌പുട്ട് തരം:
1 ടെക്സ്റ്റ് ASN.1 (ഡിഫോൾട്ട്)
2 ബൈനറി ASN.1
3 GenBank (സെക്-എൻട്രി മാത്രം)
4 GenPept (സെക്-എൻട്രി മാത്രം)
5 ഫാസ്റ്റ (ചരിത്രത്തിനായുള്ള പട്ടിക)
6 ഗുണമേന്മയുള്ള സ്കോറുകൾ (സെക്-എൻട്രി മാത്രം)
7 എൻട്രസ് ഡോക്‌സംസ്
8 ഫാസ്റ്റ റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് idfetch ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക