Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന കമാൻഡ് മാച്ചെയറാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
മാച്ചർ - വാട്ടർമാൻ-എഗർട്ട് രണ്ട് സീക്വൻസുകളുടെ പ്രാദേശിക വിന്യാസം
സിനോപ്സിസ്
മാച്ചർ - ക്രമം ക്രമം - അനുക്രമം ക്രമം [- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്] [- ഇതരമാർഗ്ഗങ്ങൾ പൂർണ്ണസംഖ്യ]
[- ഗാപോപെൻ പൂർണ്ണസംഖ്യ] [-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് പൂർണ്ണസംഖ്യ] - outfile വിന്യസിക്കുക
മാച്ചർ -ഹെൽപ്പ്
വിവരണം
മാച്ചർ EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ട്"). ഇത് "അലൈൻമെന്റ്:ലോക്കൽ" കമാൻഡ് ഗ്രൂപ്പിന്റെ(കളുടെ) ഭാഗമാണ്.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
- ക്രമം ക്രമം
- അനുക്രമം ക്രമം
- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്
സീക്വൻസുകൾ താരതമ്യം ചെയ്യുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന സ്കോറിംഗ് മാട്രിക്സ് ഫയലാണിത്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി അത്
ഫയൽ 'EBLOSUM62' (പ്രോട്ടീനുകൾക്ക്) അല്ലെങ്കിൽ 'EDNAFULL' ഫയൽ (ന്യൂക്ലിക് സീക്വൻസുകൾക്ക്). ഇവ
EMBOSS ഇൻസ്റ്റാളേഷന്റെ 'ഡാറ്റ' ഡയറക്‌ടറിയിൽ ഫയലുകൾ കാണപ്പെടുന്നു.
അധികമായ വിഭാഗം
- ഇതരമാർഗ്ഗങ്ങൾ പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഇതര പൊരുത്തങ്ങളുടെ ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ എണ്ണം ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ടായി ഏറ്റവും ഉയർന്നത് മാത്രം
സ്കോറിംഗ് വിന്യാസം കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. 2 ന്റെ മൂല്യം നിങ്ങൾക്ക് മറ്റ് ന്യായമായ വിന്യാസങ്ങൾ നൽകുന്നു. ഇൻ
ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ, ഉദാഹരണത്തിന് സിഡിഎൻഎയുടെ മൾട്ടിഡൊമെയ്ൻ പ്രോട്ടീനുകളും ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ താരതമ്യങ്ങളും,
രസകരവും പ്രധാനപ്പെട്ടതുമായ മറ്റ് വിന്യാസങ്ങൾ ഉണ്ടാകാം. സ്ഥിര മൂല്യം: 1
- ഗാപോപെൻ പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഒരു വിടവ് സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ എടുക്കുന്ന സ്കോർ ആണ് ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി. മികച്ച മൂല്യം ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു
താരതമ്യ മാട്രിക്സ് തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിൽ. 14 ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നത് അനുമാനിക്കുന്നു
പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്കുള്ള EBLOSUM62 മാട്രിക്സ്, അല്ലെങ്കിൽ 16 ന്റെ മൂല്യവും EDNAFULL മാട്രിക്സും
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഗ്യാപ്പ് ലെങ്ത്, അല്ലെങ്കിൽ ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ, പെനാൽറ്റി സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റിയിലേക്ക് ചേർത്തിരിക്കുന്നു
വിടവിലെ ഓരോ അടിത്തറയും അല്ലെങ്കിൽ അവശിഷ്ടവും. ദൈർഘ്യമേറിയ വിടവുകൾക്ക് പിഴ ചുമത്തുന്നത് ഇങ്ങനെയാണ്. സാധാരണയായി നിങ്ങൾ ചെയ്യും
നിരവധി ചെറിയ വിടവുകളേക്കാൾ കുറച്ച് നീണ്ട വിടവുകൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു, അതിനാൽ വിടവ് വിപുലീകരണ പിഴ
വിടവ് പെനാൽറ്റിയേക്കാൾ കുറവായിരിക്കണം. ഒന്നോ രണ്ടോ സീക്വൻസുകൾ ഉള്ളിടത്താണ് ഒരു അപവാദം
സാധ്യമായ സീക്വൻസിംഗ് പിശകുകളുള്ള ഒറ്റ വായനകൾ, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ നിങ്ങൾ പലതും പ്രതീക്ഷിക്കും
ഒറ്റ അടിസ്ഥാന വിടവുകൾ. ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി പൂജ്യമായി സജ്ജീകരിക്കുന്നതിലൂടെ നിങ്ങൾക്ക് ഈ ഫലം ലഭിക്കും (അല്ലെങ്കിൽ വളരെ
കുറവ്) കൂടാതെ ഗ്യാപ്പ് സ്കോറിംഗ് നിയന്ത്രിക്കാൻ ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ പെനാൽറ്റി ഉപയോഗിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
- outfile വിന്യസിക്കുക
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മാച്ചർ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക