മിനിയാസം - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

മിനിയാസം - ദീർഘമായ വായന ക്രമങ്ങൾക്കുള്ള ഡി നോവോ അസംബ്ലർ

സിനോപ്സിസ്

മിനിയാസം [-b12V] [-m minMatch] [-i മൈൻ ഐഡൻ] [-s മിനിറ്റ് സ്പാൻ] [-c മിനികോവ്] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f റീഡ് ഫയൽ] [-n
എൻറൗണ്ട്സ്] [-r ഡ്രോപ്പ് റേഷ്യോ] [-F അന്തിമ ഡ്രോപ്പ് അനുപാതം] [-p ഔട്ട്പുട്ട് ഇൻഫോ] മാപ്പിംഗ്.പാഫ് > output.gfa

വിവരണം

വളരെ വേഗത്തിലുള്ള OLC-അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള ഡി നോവോ അസംബ്ലറാണ് മിനിയാസം. ഇതിന് എല്ലാം എടുക്കും-വേഴ്സസ്-
എല്ലാം PAF ഫോർമാറ്റിൽ ഇൻപുട്ടായി സ്വയം-മാപ്പിംഗുകൾ വായിക്കുകയും GFA-യിൽ ഒരു അസംബ്ലി ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
ഫോർമാറ്റ്. മുഖ്യധാരാ അസംബ്ലർമാരിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്‌തമായി, മിനിയാസത്തിന് ഒരു സമവായ ഘട്ടമില്ല. അത്
അന്തിമ യൂണിറ്റിഗ് സീക്വൻസുകൾ ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നതിന് റീഡ് സീക്വൻസുകളുടെ ഭാഗങ്ങൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു. അങ്ങനെ
ഓരോ അടിസ്ഥാന പിശക് നിരക്ക് റോ ഇൻപുട്ട് റീഡിന് സമാനമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

പ്രീസെലക്ഷൻ ഓപ്ഷനുകൾ
-m INT താഴെയുള്ള മാപ്പിംഗുകൾ ഡ്രോപ്പ് ചെയ്യുക INT പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അടിസ്ഥാനങ്ങൾ (PAF-ൽ col10) [100]. ഈ
ഓപ്ഷന്റെ അതേ റോളുണ്ട് -L മിനിമാപ്പിന്റെ.

-s INT മാപ്പിംഗുകൾ ചെറുതായി ഡ്രോപ്പ് ചെയ്യുക INT-ബിപി [1000]. ഈ ഓപ്ഷൻ രണ്ടാമത്തേതിനെയും ബാധിക്കുന്നു
റീഡ് ഫിൽട്ടറിംഗിന്റെ റൗണ്ട്, കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ് ദൈർഘ്യം.

-i ഫ്ലോട്ട് റീഡ് ഫിൽട്ടറിംഗ് സമയത്ത്, ചുവടെയുള്ള col10/col11 ഉള്ള മാപ്പിംഗുകൾ അവഗണിക്കുക ഫ്ലോട്ട് [0.05].
അവഗണിച്ച മാപ്പിംഗുകൾ റീഡ് ഓവർലാപ്പുകൾക്ക് ഇപ്പോഴും ഉപയോഗിക്കുന്നു.

-c INT മറ്റ് വായനകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കവറേജ് [3]. ഫിൽട്ടറിംഗിന്റെ ആദ്യ റൗണ്ടിൽ, മിനിയാസം
ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ പ്രദേശം കണ്ടെത്തുന്നു INT അല്ലെങ്കിൽ കൂടുതൽ വായിക്കുന്നു. രണ്ടാം റൗണ്ടിൽ, അത്
കൂടാതെ, ശേഷിക്കുന്ന ഓരോ അടിത്തറയും കവർ ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട് INT കുറഞ്ഞത് അടിസ്ഥാനങ്ങൾ
മിനിറ്റ് സ്പാൻ/2 മറ്റ് വായനകളുടെ അറ്റത്ത് നിന്ന്.

ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്നു ഓപ്ഷനുകൾ
-o INT കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ് ദൈർഘ്യം [അതു പോലെ മിനിറ്റ് സ്പാൻ]

-h INT പരമാവധി ഓവർഹാംഗ് ദൈർഘ്യം [1000]. മാപ്പ് ചെയ്യാത്ത ഒരു പ്രദേശമാണ് ഓവർഹാംഗ്
യഥാർത്ഥ ഓവർലാപ്പ് അല്ലെങ്കിൽ യഥാർത്ഥ കണ്ടെയ്‌ൻമെന്റ് നൽകി മാപ്പ് ചെയ്‌തു. ഓവർഹാംഗ് വളരെ ദൈർഘ്യമേറിയതാണെങ്കിൽ,
മാപ്പിംഗ് ഒരു ആന്തരിക പൊരുത്തമായി കണക്കാക്കുകയും അവഗണിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്യും.

-I ഫ്ലോട്ട് ഒരു മാപ്പിംഗിനായി മാപ്പിംഗ് ദൈർഘ്യത്തിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ അനുപാതം
ഒരു അടങ്കൽ അല്ലെങ്കിൽ ഓവർലാപ്പ് [0.8] ആയി കണക്കാക്കുന്നു. ഈ ഓപ്ഷന് സമാനമായ പങ്ക് ഉണ്ട്
-h, അത് അനുപാതത്തെ നിയന്ത്രിക്കുന്നു എന്നതൊഴിച്ചാൽ, നീളമല്ല.

ഗ്രാഫ് ലേഔട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ
-g INT ഒരു മാപ്പിംഗിലെ രണ്ട് വായനകൾ തമ്മിലുള്ള പരമാവധി വിടവ് വ്യത്യാസങ്ങൾ [1000]. ഈ പരാമീറ്റർ ആണ്
ട്രാൻസിറ്റീവ് റിഡക്ഷൻ മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

-d INT ബബിൾ പോപ്പിംഗിനുള്ള പരമാവധി പ്രോബിംഗ് ദൂരം [50000]. അധികം നീളമുള്ള കുമിളകൾ INT
പോപ്പ് ചെയ്യില്ല.

-e INT ഒരു യൂണിറ്റിഗ് അതിൽ കുറവാണെങ്കിൽ അത് ചെറുതായി കണക്കാക്കുന്നു INT [4] വായിക്കുന്നു.
വിവിധ ഘട്ടങ്ങളിൽ ചെറിയ യൂണിറ്റിഗുകൾ നീക്കം ചെയ്യാൻ മിനിയാസം ശ്രമിച്ചേക്കാം.

-f FILE യൂണിറ്റിഗ് സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിന് ഫാസ്റ്റ അല്ലെങ്കിൽ ഫാസ്റ്റ്ക്യു ഫോർമാറ്റിൽ സീക്വൻസ് ഫയൽ വായിക്കുക
[ശൂന്യം]. ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഇല്ലെങ്കിൽ, മിനിയാസം ഒരു GFA ഔട്ട്‌പുട്ട് ഇല്ലാതെ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു
സീക്വൻസുകൾ.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
പരമാവധി, മിനിട്ട് ഓവർലാപ്പ് ഡ്രോപ്പ് അനുപാതം [0.7,0.5]. ഓവർലാപ്പ്(v->w) ഓവർലാപ്പ് ആയിരിക്കട്ടെ
എഡ്ജിന്റെ നീളം v->w, maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} ഏറ്റവും വലുത്
ഓവർലാപ്പ്. ഓവർലാപ്പ്(v->w)/maxovlp(v) a താഴെ ആണെങ്കിൽ മിനിയാസം ഡ്രോപ്പുകൾ ഓവർലാപ്പ് v->w
ഈ ഓപ്ഷൻ നിയന്ത്രിക്കുന്ന പരിധി. മിനിയാസം ബാധകമാണ് എൻറൗണ്ട്സ് ഷോർട്ട് റൗണ്ടുകൾ
തമ്മിലുള്ള വർദ്ധിച്ചുവരുന്ന പരിധി ഉപയോഗിച്ച് ഓവർലാപ്പ് നീക്കംചെയ്യൽ ഫ്ലോട്ട്1 ഒപ്പം ഫ്ലോട്ട്2.

-n INT ഷോർട്ട് ഓവർലാപ്പ് നീക്കംചെയ്യലിന്റെ റൗണ്ടുകൾ [3].

-F ഫ്ലോട്ട് ഷോർട്ട് യൂണിറ്റിഗ് നീക്കം ചെയ്തതിന് ശേഷം ഓവർലാപ്പ് ഡ്രോപ്പ് റേഷ്യോ ത്രെഷോൾഡ് [0.8]

കലര്പ്പായ ഓപ്ഷനുകൾ
-b ഇൻപുട്ടിൽ, ഒരേ മാപ്പിംഗ് രണ്ടുതവണ നൽകാൻ സാധ്യതയുണ്ടെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുക

-1 പ്രീ-അസംബ്ലി റീഡ് സെലക്ഷന്റെ ആദ്യ റൗണ്ട് ഒഴിവാക്കുക

-2 പ്രീ-അസംബ്ലി റീഡ് സെലക്ഷന്റെ രണ്ടാം റൗണ്ട് ഒഴിവാക്കുക

-p STR ഔട്ട്പുട്ട് വിവരങ്ങളും ഫോർമാറ്റും [ug]. സാധ്യമാണ് STR മൂല്യങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുന്നു - കിടക്ക: പോസ്റ്റ്-
BED ഫോർമാറ്റിൽ ഫിൽട്ടർ ചെയ്ത റീഡ് റീജിയണുകൾ; പഫ്: പോസ്റ്റ്-ഫിൽട്ടർ ചെയ്തവയ്ക്കിടയിലുള്ള മാപ്പിംഗുകൾ
വായിക്കുന്നു; sg: GFA ഫോർമാറ്റിൽ ഓവർലാപ്പ് ഗ്രാഫ് വായിക്കുക; ug: ജിഎഫ്എയിലെ യൂണിറ്റിഗ് ഗ്രാഫ്
ഫോർമാറ്റ്.

-V പതിപ്പ് നമ്പർ stdout-ലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ്

ഒരു TAB- ആയ പെയർവൈസ് mApping ഫോർമാറ്റിൽ (PAF) മാപ്പിംഗ് സ്ഥാനങ്ങൾ മിനിയാസം വായിക്കുന്നു.
ഓരോ വരിയിലും വിവരിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ കുറഞ്ഞത് 12 ഫീൽഡുകളെങ്കിലും അടങ്ങുന്ന ഡീലിമിറ്റഡ് ടെക്സ്റ്റ് ഫോർമാറ്റ്
ഇനിപ്പറയുന്ന പട്ടിക:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ─────────────────────────┐
│Col │ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക │ വിവരണം │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ─────────────────────────┤
│ 1 │ സ്ട്രിംഗ് │ ക്വറി സീക്വൻസ് പേര് │
│ 2 │ int │ ക്വറി സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം │
│ 3 │ int │ അന്വേഷണ ആരംഭ കോർഡിനേറ്റ് (0-അടിസ്ഥാനം) │
│ 4 │ int │ ക്വറി എൻഡ് കോർഡിനേറ്റ് (0-അടിസ്ഥാനം) │
│ 5 │ char │ അതേ സ്‌ട്രാൻഡിൽ അന്വേഷണവും ലക്ഷ്യവും ഉണ്ടെങ്കിൽ `+'; `-' എതിരാണെങ്കിൽ │
│ 6 │ സ്ട്രിംഗ് │ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ് നാമം │
│ 7 │ int │ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം │
│ 8 │ int │ യഥാർത്ഥ സ്ട്രാൻഡിൽ ടാർഗെറ്റ് സ്റ്റാർട്ട് കോർഡിനേറ്റ് │
│ 9 │ int │ യഥാർത്ഥ സ്ട്രാൻഡിലെ ടാർഗെറ്റ് എൻഡ് കോർഡിനേറ്റ് │
│ 10 │ int │ മാപ്പിംഗിലെ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ബേസുകളുടെ എണ്ണം │
│ 11 │ int │ മാപ്പിംഗിൽ വിടവുകൾ ഉൾപ്പെടെയുള്ള സംഖ്യാ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ │
│ 12 │ int │ മാപ്പിംഗ് നിലവാരം (0-255 കൂടെ 255 നഷ്‌ടപ്പെട്ടതിന്) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ─────────────────────────┘

കാണുക മിനിമാപ്പ്(1) ഓരോ ഫീൽഡിന്റെയും വിശദമായ വിവരണത്തിനായി.

ഔട്ട്പ് ഫോർമാറ്റ്

മിനിയാസം അസംബ്ലിയെ ഗ്രാഫിക്കൽ ഫ്രാഗ്‌മെന്റ് അസംബ്ലി ഫോർമാറ്റിൽ (GFA) ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുന്നു. ഇത് എ
ലൈൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള TAB-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ്, ലീഡിംഗ് ലെറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് വരിയുടെ തരം സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
മിനിയാസം ഉപയോഗിക്കുന്ന ലൈൻ തരങ്ങൾ ഇനിപ്പറയുന്ന പട്ടിക നൽകുന്നു:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ──────────────────────┐
│വര │ അഭിപ്രായം │ നിശ്ചിത ഫീൽഡുകൾ │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ──────────────────────┤
│ H │ തലക്കെട്ട് │ N/A │
│ S │ സെഗ്മെന്റ് │ segName segSeq │
│ L │ ഓവർലാപ്പ് │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ ഗോൾഡൻ പാത്ത് │ utgName utgStart readName:start-end readOri length │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ──────────────────────┘

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ മിനിയാസം ഉപയോഗിക്കുക