mkdssp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

mkdssp - ഒരു PDB ഫയലിലെ പ്രോട്ടീനുകളുടെ ദ്വിതീയ ഘടന കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

mkdssp [ഓപ്‌ഷൻ] pdbfile [dsspfile]

വിവരണം

ദി mkdssp പ്രോഗ്രാം ആദ്യം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തത് വോൾഫ്ഗാംഗ് കാബ്ഷും ക്രിസ് സാൻഡറും ചേർന്നാണ്
ദ്വിതീയ ഘടന അസൈൻമെന്റ് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ചെയ്യുക. ദ്വിതീയ ഘടനയുടെ ഒരു ഡാറ്റാബേസാണ് DSSP
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാ ബാങ്കിലെ (PDB) എല്ലാ പ്രോട്ടീൻ എൻട്രികൾക്കും അസൈൻമെന്റുകൾ (കൂടുതൽ കൂടുതൽ) കൂടാതെ
mkdssp PDB എൻട്രികളിൽ നിന്ന് DSSP എൻട്രികൾ കണക്കാക്കുന്ന ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക
ആ mkdssp ചെയ്യുന്നവൻ അല്ല പവചിക്കുക ദ്വിതീയ ഘടന.

ഓപ്ഷനുകൾ

നിങ്ങൾ വിളിച്ചാൽ mkdssp ഒരു പരാമീറ്റർ മാത്രം ഉപയോഗിച്ച്, ഇത് PDB ഫയലായി വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടും
പ്രക്രിയയും ഔട്ട്പുട്ടും stdout-ലേക്ക് അയയ്ക്കും. രണ്ടാമത്തെ പാരാമീറ്റർ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഇതാണ്
സൃഷ്ടിക്കാനുള്ള DSSP ഫയലിന്റെ പേരായി വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു. ഇൻപുട്ടും ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലും
പേരുകൾക്ക് വിപുലീകരണമായി .gz അല്ലെങ്കിൽ .bz2 ഉണ്ടായിരിക്കാം, അതിന്റെ ഫലമായി ശരിയായ കംപ്രഷൻ ലഭിക്കും.

-i, --ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്
ഫയലിന്റെ പേര് a പി.ഡി.ബി. പ്രോട്ടീൻ ഘടന ഡാറ്റ അടങ്ങുന്ന ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയൽ. ഈ
ഫയൽ gzip അല്ലെങ്കിൽ bzip2 ഉപയോഗിച്ച് കംപ്രസ് ചെയ്ത ഫയലായിരിക്കാം.

-o, --ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്
ഫയലിന്റെ പേര് a ഡിഎസ്എസ്പി സൃഷ്ടിക്കാനുള്ള ഫയൽ. ഫയലിന്റെ പേര് .gz അല്ലെങ്കിൽ .bz2 a എന്നതിൽ അവസാനിക്കുകയാണെങ്കിൽ
കംപ്രസ് ചെയ്ത ഫയൽ സൃഷ്ടിച്ചു.

-v, --വാക്കുകൾ
രോഗനിർണ്ണയ വിവരങ്ങൾ എഴുതുക.

--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക.

-h, --സഹായിക്കൂ
സഹായ സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്‌ത് പുറത്തുകടക്കുക. എന്നതിനായുള്ള പാഴ്‌സർ സ്‌ക്രിപ്റ്റുകൾ അടങ്ങുന്ന ഡയറക്‌ടറി
മിസിസ്.

സിദ്ധാന്തം

നൽകിയിരിക്കുന്ന ഏറ്റവും സാധ്യതയുള്ള ദ്വിതീയ ഘടന അസൈൻമെന്റ് കണക്കാക്കിയാണ് DSSP പ്രോഗ്രാം പ്രവർത്തിക്കുന്നത്
ഒരു പ്രോട്ടീന്റെ 3D ഘടന. a യിലെ ആറ്റങ്ങളുടെ സ്ഥാനം വായിച്ചാണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത്
പ്രോട്ടീൻ (ഒരു PDB ഫയലിലെ ATOM റെക്കോർഡുകൾ) തുടർന്ന് H-ബോണ്ട് ഊർജ്ജത്തിന്റെ കണക്കുകൂട്ടൽ
എല്ലാ ആറ്റങ്ങൾക്കും ഇടയിൽ. ഓരോ ആറ്റത്തിനും ഏറ്റവും മികച്ച രണ്ട് എച്ച്-ബോണ്ടുകൾ ഏറ്റവും കൂടുതൽ നിർണ്ണയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
പ്രോട്ടീനിലെ ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ദ്വിതീയ ഘടനയുടെ സാധ്യതയുള്ള ക്ലാസ്.

ഇതിനർത്ഥം ഒരു പ്രോട്ടീനിന് സാധിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾക്ക് പൂർണ്ണവും സാധുതയുള്ളതുമായ ഒരു 3D ഘടന ഉണ്ടായിരിക്കണം എന്നാണ്
ദ്വിതീയ ഘടന കണക്കാക്കുക. ഡി‌എസ്‌എസ്‌പിയിൽ മാന്ത്രികതയില്ല, ഉദാഹരണത്തിന്, അത് ഊഹിക്കാൻ കഴിയില്ല
നിങ്ങൾക്ക് 3D ഘടനയില്ലാത്ത ഒരു മ്യൂട്ടേറ്റഡ് പ്രോട്ടീന്റെ ദ്വിതീയ ഘടന.

ഡിഎസ്എസ്പി FILE ഫോർമാറ്റ്

ഓരോ DSSP ഫയലിന്റെയും തലക്കെട്ട് ഭാഗം സ്വയം വിശദീകരിക്കുന്നതാണ്, അതിൽ ചില വിവരങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
PDB ഫയലിൽ നിന്ന് പകർത്തി, കണക്കാക്കുമ്പോൾ ചില സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ശേഖരിച്ചു
ദ്വിതീയ ഘടന.

ഫയലിന്റെ രണ്ടാം പകുതിയിൽ ഓരോന്നിനും കണക്കാക്കിയ ദ്വിതീയ ഘടന വിവരങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
അവശിഷ്ടം. ഓരോ കോളത്തിനും ഒരു ഹ്രസ്വമായ വിശദീകരണമാണ് ഇനിപ്പറയുന്നത്.

നിര പേര് വിവരണം
────────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────.
# mkdssp കണക്കാക്കിയ അവശിഷ്ട നമ്പർ
അവശിഷ്ടം PDB ഫയൽ വ്യക്തമാക്കിയ അവശിഷ്ട നമ്പർ
ഒരു ചെയിൻ ഐഡന്റിഫയർ പിന്തുടരുന്നു.

AA അമിനോ ആസിഡിന്റെ ഒറ്റ അക്ഷര കോഡ്. ഇത് എങ്കിൽ
അക്ഷരം ചെറിയ അക്ഷരമാണ് ഇതിനർത്ഥം ഇത് a എന്നാണ്
സൾഫർ പാലം ഉണ്ടാക്കുന്ന സിസ്റ്റൈൻ
ഈ നിരയിലെ മറ്റ് അമിനോ ആസിഡ്
ചെറിയ അക്ഷരം.
ഘടന ഒന്നിലധികം ഉപഘടകങ്ങൾ അടങ്ങിയ ഒരു സങ്കീർണ്ണ നിരയാണിത്
നിരകൾ. ആദ്യ നിരയിൽ ഒരു അക്ഷരം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
നിയുക്ത ദ്വിതീയ ഘടനയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
ഈ അവശിഷ്ടം. സാധുവായ മൂല്യങ്ങൾ ഇവയാണ്:
കോഡ് വിവരണം
എച്ച് ആൽഫ ഹെലിക്സ്
ബി ബീറ്റ പാലം
ഇ സ്ട്രാൻഡ്
ജി ഹെലിക്സ്-3
ഞാൻ ഹെലിക്സ്-5
ടി ടേൺ
എസ് ബെൻഡ്
ഇനിപ്പറയുന്നവ സൂചിപ്പിക്കുന്നത് മൂന്ന് കോളങ്ങളാണ്
മൂന്ന് ഹെലിക്സ് തരങ്ങളിൽ ഓരോന്നും (3, 4, 5)
ഈ അവശിഷ്ടം രൂപീകരിക്കാനുള്ള സ്ഥാനാർത്ഥിയാണോ എന്ന്
ഈ ഹെലിക്സ്. എ > പ്രതീകം അത് ആരംഭിക്കുന്നതായി സൂചിപ്പിക്കുന്നു a
helix, ഒരു സംഖ്യ സൂചിപ്പിക്കുന്നത് അത് അത്തരത്തിലുള്ള ഒരു അകത്താണെന്ന്
ഹെലിക്സും എ < പ്രതീകം അർത്ഥമാക്കുന്നത് അത് ഹെലിക്സ് അവസാനിപ്പിക്കുന്നു എന്നാണ്.
ഇതാണെങ്കിൽ അടുത്ത കോളത്തിൽ ഒരു S പ്രതീകം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
അവശിഷ്ടം സാധ്യമായ വളവാണ്.
പിന്നെ ചിരാലിറ്റിയെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന ഒരു കോളമുണ്ട്
ഇത് പോസിറ്റീവ് അല്ലെങ്കിൽ നെഗറ്റീവ് ആകാം
(അതായത് ആൽഫ ടോർഷൻ ഒന്നുകിൽ പോസിറ്റീവ് അല്ലെങ്കിൽ
നെഗറ്റീവ്).
അവസാന രണ്ട് കോളങ്ങളിൽ ബീറ്റ ബ്രിഡ്ജ് ലേബലുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
ഇവിടെ ലോവർ കേസ് അർത്ഥമാക്കുന്നത് സമാന്തര പാലം എന്നാണ്
വലിയക്ഷരം എന്നാൽ ആന്റി പാരലൽ എന്നാണ്.
BP1, BP2 എന്നിവ ആദ്യത്തെയും രണ്ടാമത്തെയും ബ്രിഡ്ജ് ജോടി സ്ഥാനാർത്ഥി, ഇത്
ഷീറ്റിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന ഒരു കത്ത് പിന്തുടരുന്നു.
ACC ഈ അവശിഷ്ടത്തിന്റെ പ്രവേശനക്ഷമത, ഇതാണ്
ചതുരാകൃതിയിലുള്ള Ångstrom എന്ന് പ്രകടമാക്കുന്ന ഉപരിതല വിസ്തീർണ്ണം
ഒരു ജല തന്മാത്രയിലൂടെ ആക്സസ് ചെയ്യാൻ കഴിയും.
NH-->O..O-->HN നാല് നിരകൾ, അവ ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും നൽകുന്നു
എച്ച്-ബോണ്ട് എനർജി മറ്റൊരു അവശിഷ്ടം എവിടെയാണ്
നിലവിലുള്ള അവശിഷ്ടം ഒന്നുകിൽ സ്വീകരിക്കുന്നയാളോ ദാതാവോ ആണ്.
ഓരോ നിരയിലും രണ്ട് സംഖ്യകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, ആദ്യത്തേത്
നിലവിലുള്ള അവശിഷ്ടത്തിൽ നിന്ന് ഒരു ഓഫ്സെറ്റ്
ഈ H-ബോണ്ടിലെ പങ്കാളി അവശിഷ്ടം (DSSP-യിൽ
നമ്പറിംഗ്), രണ്ടാമത്തെ സംഖ്യ കണക്കാക്കിയതാണ്
ഈ എച്ച്-ബോണ്ടിനുള്ള ഊർജ്ജം.
TCO യുടെ C=O തമ്മിലുള്ള കോണിന്റെ കോസൈൻ
നിലവിലെ അവശിഷ്ടവും മുൻ അവശിഷ്ടത്തിന്റെ C=O. വേണ്ടി
ആൽഫ-ഹെലിസുകൾ, ബീറ്റാ ഷീറ്റുകൾക്കായി TCO +1-ന് അടുത്താണ്
TCO -1-ന് അടുത്താണ്. ഘടനയ്ക്കായി ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല
നിർവചനം.
കപ്പ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന വെർച്വൽ ബോണ്ട് ആംഗിൾ (ബെൻഡ് ആംഗിൾ).
ശേഷിക്കുന്ന വൈദ്യുതധാരയുടെ മൂന്ന് സി-ആൽഫ ആറ്റങ്ങൾ
- 2, നിലവിലുള്ളതും നിലവിലുള്ളതും + 2. നിർവചിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വളവ് (ഘടനാ കോഡ് 'എസ്').
PHI, PSI IUPAC പെപ്റ്റൈഡ് ബാക്ക്ബോൺ ടോർഷൻ ആംഗിളുകൾ.
X-CA, Y-CA, Z-CA എന്നിവ സി-ആൽഫ കോർഡിനേറ്റുകൾ

ചരിത്രം

ഒറിജിനൽ ഡിഎസ്എസ്പി ആപ്ലിക്കേഷൻ പാസ്കലിൽ വുൾഫ്ഗാങ് കാബ്ഷും ക്രിസ് സാൻഡറും എഴുതിയതാണ്.
ഈ പതിപ്പ് യഥാർത്ഥ സോഴ്സ് കോഡിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി C++-ൽ പൂർണ്ണമായി മാറ്റിയെഴുതിയതാണ്. കുറച്ച് ബഗുകൾ
അന്നുമുതൽ ശരിയാക്കുകയും അൽഗരിതങ്ങൾ അവിടവിടെയായി മാറ്റുകയും ചെയ്തു.

ചെയ്യാൻ

കോഡിന് അത്യന്തം അപ്ഡേറ്റ് ആവശ്യമാണ്. നടപ്പിലാക്കാൻ ആദ്യം വേണ്ടത്
പൈ-ഹെലിസുകളുടെ മെച്ചപ്പെട്ട തിരിച്ചറിയൽ. രണ്ടാമത്തെ മെച്ചപ്പെടുത്തൽ ആംഗിൾ ഡിപൻഡന്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നതാണ്
എച്ച്-ബോണ്ട് ഊർജ്ജ കണക്കുകൂട്ടൽ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് mkdssp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക