rabema_build_gold_standard - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

rabema_build_gold_standard - RABEMA ഗോൾഡ് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ബിൽഡർ

സിനോപ്സിസ്

rabema_build_gold_standard [ഓപ്ഷനുകൾ] --ഔട്ട്-ജിഎസ്ഐ OUT.gsi --റഫറൻസ് REF.fa --ഇൻ-സാം
PERFECT.sam rabema_build_gold_standard [ഓപ്ഷനുകൾ] --ഔട്ട്-ജിഎസ്ഐ OUT.gsi --റഫറൻസ്
REF.fa --ഇൻ-ബാം പെർഫെക്ട്.ബാം

വിവരണം

ഈ പ്രോഗ്രാം ഒരു RABEMA സ്വർണ്ണ നിലവാരം നിർമ്മിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു. ഇൻപുട്ട് ഒരു റഫറൻസ് FASTA ആണ്
ഫയലും ഒരു തികഞ്ഞ SAM/BAM മാപ്പും (ഉദാ: പൂർണ്ണ സംവേദനക്ഷമതയിൽ RazerS 3 ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്ടിച്ചത്
മോഡ്).

ഇൻപുട്ട് SAM/BAM ഫയൽ കോർഡിനേറ്റ് പ്രകാരം അടുക്കിയിരിക്കണം. പ്രോഗ്രാം എ സൃഷ്ടിക്കും
റഫറൻസിലേക്കുള്ള അതിവേഗ റാൻഡം ആക്‌സസിനായി ഫാസ്റ്റ സൂചിക ഫയൽ REF.fa.fai.

-h, --സഹായിക്കൂ

ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

--പതിപ്പ്

പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-v, --വാക്കുകൾ

വെർബോസ് ഔട്ട്പുട്ട് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക.

-വിവി, --വളരെ വാചാലമായ

കൂടുതൽ വാചാലമായ ഔട്ട്‌പുട്ട് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക.

ഇൻപുട്ട് ഔട്ട്പുട്ട്:

-o, --ഔട്ട്-ജിഎസ്ഐ ജി.എസ്.ഐ

തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന GSI ഫയൽ എഴുതാനുള്ള പാത. സാധുവായ ഫയൽ തരങ്ങൾ ഇവയാണ്: gsi, gsi.gz.

-r, --റഫറൻസ് ഫാസ്റ്റ

റഫറൻസ് ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്ന് ലോഡ് ചെയ്യാനുള്ള പാത. സാധുവായ ഫയൽ തരങ്ങൾ ഇവയാണ്: fa, fasta.

-s, --ഇൻ-സാം SAM

"തികഞ്ഞ" SAM ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യാനുള്ള പാത. സാധുവായ ഫയൽ തരം: സാം.

-b, --ഇൻ-ബാം BAM

"തികഞ്ഞ" BAM ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യാനുള്ള പാത. സാധുവായ ഫയൽ തരം: ബാം.

ഗോൾഡ് സ്റ്റാൻഡേർഡ് പാരാമീറ്ററുകൾ:

--ഒറാക്കിൾ-മോഡ്

ഒറാക്കിൾ മോഡ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക. SAM/BAM ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ സിമുലേറ്റഡ് ഡാറ്റയ്ക്കായി ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നു
യഥാർത്ഥ സാമ്പിൾ സ്ഥാനമായി കണക്കാക്കുന്ന ഒരു സ്ഥാനം കൃത്യമായി നൽകുന്നു.

--മാച്ച്-എൻ

സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ, പിഴ കൂടാതെ N എല്ലാ പ്രതീകങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു.

--ദൂര-മെട്രിക് മെട്രിക്

ദൂരം മെട്രിക് സജ്ജീകരിക്കുക. സാധുവായ മൂല്യങ്ങൾ: ഹാമിംഗ്, എഡിറ്റ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: എഡിറ്റ്. ഹാമിംഗിലും ഒന്ന്
തിരുത്തുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: എഡിറ്റ്.

-e, --പരമാവധി-പിശക് നിരക്ക്

ശതമാനത്തിൽ സ്വർണ്ണ നിലവാരം നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള പരമാവധി പിശക് നിരക്ക്. ഈ പരാമീറ്റർ ഒരു ആണ്
പൂർണ്ണസംഖ്യയും വായന ദൈർഘ്യവുമായി ആപേക്ഷികവും. ഒറാക്കിൾ മോഡിന്റെ കാര്യത്തിൽ, പിശക് നിരക്ക്
സാമ്പിൾ പൊസിഷനിലെ റീഡ് ഉപയോഗിക്കുകയും നിരക്ക് ഒരു കട്ട്ഓഫ് ത്രെഷോൾഡായി ഉപയോഗിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.

മൂല്യങ്ങൾ തിരികെ നൽകുക

റിട്ടേൺ മൂല്യം 0 വിജയത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, മറ്റേതെങ്കിലും മൂല്യം ഒരു പിശകിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

rabema_build_gold_standard -e 4 -o OUT.gsi -s ഐ.എൻ.സാം -r REF.fa

എല്ലാ മാപ്പിംഗ് ലൊക്കേഷനുകളും ഫാസ്റ്റയും ഉപയോഗിച്ച് ഒരു SAM ഫയലായ IN.sam-ൽ നിന്ന് സ്വർണ്ണ നിലവാരം നിർമ്മിക്കുക
റഫറൻസ് REF.fa യിലേക്കുള്ള GSI ഫയലായ OUT.gsi പരമാവധി പിശക് നിരക്ക് 4.

rabema_build_gold_standard --ദൂര-മെട്രിക് തിരുത്തുക -e 4 -o OUT.gsi -b ഐ.എൻ.ബാം -r
REF.fa

മുകളിൽ പറഞ്ഞതുപോലെ തന്നെ, എന്നാൽ എഡിറ്റ് ദൂരത്തിന് പകരം ഹാമിംഗും ഇൻപുട്ടായി BAM ഉം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

rabema_build_gold_standard --ഒറാക്കിൾ-മോഡ് -o OUT.gsi -s ഐ.എൻ.സാം -r REF.fa

IN.sam എന്ന SAM ഫയലിൽ നിന്ന് യഥാർത്ഥ സാമ്പിൾ സ്ഥാനം ഉപയോഗിച്ച് സ്വർണ്ണ നിലവാരം നിർമ്മിക്കുക, ഉദാ
റീഡ് സിമുലേറ്റർ മേസൺ കയറ്റുമതി ചെയ്തത് പോലെ.

മെമ്മറി ആവശ്യകതകൾ

പതിപ്പ് 1.1 മുതൽ, മെമ്മറി ആവശ്യകതകൾ കുറവായി നിലനിർത്താൻ വളരെയധികം ശ്രദ്ധിച്ചിട്ടുണ്ട്
കഴിയുന്നത്ര. അവിടെ മെമ്മറി ആവശ്യമുള്ളത് ഏറ്റവും വലിയ ക്രോമസോമിന്റെ ഇരട്ടി വലുപ്പമാണ്
കൂടാതെ ഓരോ മത്സരത്തിനും കുറച്ച് സ്ഥിരമായ മെമ്മറി.

ഉദാഹരണത്തിന്, 100bp ഹ്യൂമൻ ജീനോമിന്റെ മെമ്മറി ഉപയോഗം 5% പിശക് നിരക്കിലാണ്
1.7GB. ഇതിൽ, ഏകദേശം 400 ജിബി ക്രോമസോമിൽ നിന്നും 1.3 ജിബി പൊരുത്തങ്ങളിൽ നിന്നും ലഭിച്ചു.

അവലംബം

എം. ഹോൾട്ട്ഗ്രൂ, എ.-കെ. എംഡെ, ഡി. വീസ്, കെ. റീനെർട്ട്. ഒരു നോവലും നന്നായി നിർവചിക്കപ്പെട്ടതും
രണ്ടാം തലമുറ റീഡ് മാപ്പിംഗിനുള്ള ബെഞ്ച്മാർക്കിംഗ് രീതി, BMC ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 2011,
XXX: 12.

http://www.seqan.de/rabema

RABEMA ഹോംപേജ്

http://www.seqan.de/mason

മേസൺ ഹോംപേജ്

പതിപ്പ്

rabema_build_gold_standard പതിപ്പ്: 1.2.0 അവസാനമായി അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്തത് മാർച്ച് 14, 2013

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് rabema_build_gold_standard ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക