Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന vcf-സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
vcf-stats - VCF ഫയലിന്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക്
സിനോപ്സിസ്
vcf- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ [ഓപ്ഷനുകൾ] file.vcf.gz
ഓപ്ഷനുകൾ
-d, --ഡമ്പ്
നിലവിലുള്ള ഒരു ഡംപ് ഫയൽ എടുത്ത് ഫയലുകൾ വീണ്ടും സൃഷ്‌ടിക്കുക (ഇതിനൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കുന്നു -p)
-f, --ഫിൽട്ടറുകൾ
കോളം/ഫീൽഡ് (ഏതെങ്കിലും മൂല്യം), കോളം/ഫീൽഡ്=ബിൻ: പരമാവധി (ക്ലസ്റ്റർ ഇൻ
ബിന്നുകൾ), നിര/ഫീൽഡ്=മൂല്യം (കൃത്യമായ മൂല്യം)
-p, --പ്രിഫിക്സ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളുടെ പ്രിഫിക്സ്. സ്ലാഷുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഡയറക്ടറികൾ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും.
-s, --സാമ്പിളുകൾ
ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്‌ത സാമ്പിളുകൾ മാത്രം പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക, - ഒന്നുമില്ല. ആവശ്യമില്ലാത്ത സാമ്പിളുകൾ ഒഴിവാക്കിയേക്കാം
പ്രകടനം ഗണ്യമായി വർദ്ധിപ്പിക്കുക.
-h, -?, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം.
ഉദാഹരണങ്ങൾ
# ഫിൽട്ടർ ഫീൽഡ്, ഗുണനിലവാരം, നോൺ-ഇൻഡലുകൾ vcf- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ എന്നിവയ്ക്കായി സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ പ്രത്യേകം കണക്കാക്കുക
file.vcf.gz -f FILTER,QUAL=10:200,INFO/INDEL=തെറ്റ് -p പുറത്ത്/
# എല്ലാ സാമ്പിളുകളുടെയും സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ കണക്കാക്കുക vcf-stats file.vcf.gz -f ഫോർമാറ്റ്/ഡിപി=10:200 -p പുറത്ത്/
# NA00001 vcf-stats file.vcf.gz സാമ്പിളിനായി മാത്രം സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ കണക്കാക്കുക -f
സാമ്പിൾ/NA00001/DP=1:200 -p പുറത്ത്/
vcf-stats file.vcf.gz > perl.dump
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി vcf-stats ഉപയോഗിക്കുക