ഇതാണ് fcGENE എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പ്: Linux ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള ജനിതക ഫോർമാറ്റ് കൺവെർട്ടർ, അതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് fcgene-1.0.7.zip ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
fcGENE എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക: OnWorks-ൽ സൗജന്യമായി Linux-ൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് Genotype ഫോർമാറ്റ് കൺവെർട്ടർ.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
സ്ക്രീൻഷോട്ടുകൾ
Ad
fcGENE: ലിനക്സിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാനുള്ള ജനിതക ഫോർമാറ്റ് കൺവെർട്ടർ
വിവരണം
പ്രധാന ആപ്ലിക്കേഷൻ ഇരട്ടിയാണ്: ആദ്യം ജനിതകരൂപത്തിലുള്ള SNP ഡാറ്റയെ PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE, BIMBBAM എന്നിങ്ങനെയുള്ള വ്യത്യസ്ത ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളുകളുടെ ഫോർമാറ്റുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക, രണ്ടാമത്തേത് കണക്കാക്കിയ ഡാറ്റ PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT, SNPTEST എന്നിങ്ങനെ വ്യത്യസ്ത ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളാക്കി മാറ്റുക.വായിക്കാനാകുന്ന ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ: plink-pedigree (ped and map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle, bimbam. അതുപോലെ ഔട്ട്പുട്ടുകളുടെ എല്ലാത്തരം ആക്ഷേപങ്ങളും അംഗീകരിക്കപ്പെടുന്നു.
fcGENE വഴി ജനറേറ്റ് ചെയ്യാവുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ: plink-പെഡിഗ്രീ, plink-row, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs and bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
കൂടുതൽ അപേക്ഷ:
-?ആവശ്യമായ ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ കമാൻഡുകളുടെയും മറ്റ് ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളിന്റെ കമാൻഡുകളുടെയും ടെംപ്ലേറ്റുകൾ നേടുന്നു
- MAF, HWE & CALLRATE പ്രകാരം ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം.
പ്രധാന പദങ്ങൾ: ജനിതകമാറ്റം, ജനിതകമാതൃക ഫോർമാറ്റ്, ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ഔട്ട്പുട്ട്, PLINK, IMPUTE, MACH, മിനിമാക്, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
സവിശേഷതകൾ
- എസ്എൻപി അടിസ്ഥാനത്തിലും വ്യക്തിഗതമായും ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം ഉണ്ടാക്കാനും ഡാറ്റ ട്രാൻസ്ഫോർമിംഗ് ചെയ്യുമ്പോൾ അയോഗ്യരായ എസ്എൻപികളെയും വ്യക്തികളെയും ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാനും കഴിയും
- ജനിതകമാതൃക SNP ഡാറ്റയുടെ ടു-വേ ഫോർമാറ്റ് പരിവർത്തനം നടത്താൻ കഴിയും (ഉദാ. PLINK -> ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളും ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളുകളും -> PLINK) . ഇതിന് പ്ലിങ്ക് ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത പെഡിഗ്രിയും ബൈനറി ഫയലുകളും വായിക്കാനും എഴുതാനും കഴിയും
- ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ക്വാളിറ്റി സ്കോറിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ പ്രേരിപ്പിച്ച SNP-കൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാൻ കഴിയും
- GWA വിശകലന ടൂളുകളുടെ കമാൻഡുകളുടെ ടെംപ്ലേറ്റുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
- ഒരു ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളിന്റെ ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് മറ്റൊന്നിലേക്ക് ജനിതകമാതൃക ഡാറ്റ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.
- ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ റഫറൻസുകളെ പ്ലിങ്ക് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക. ജനിതകരൂപത്തിലുള്ള ഡാറ്റയെ റഫറൻസ് പാനലുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ ഇത് സഹായിക്കുന്നു.
- യഥാർത്ഥത്തിൽ മറ്റ് വ്യത്യസ്ത ഫോർമാറ്റുകളിൽ നൽകിയ ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് GenABEL ഫോർമാറ്റിൽ snp ഡാറ്റ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
- മൈനർ അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസിയുടെ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഡോസ് അടങ്ങിയ വ്യത്യസ്ത ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
- സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ജനിതകശാസ്ത്ര മേഖലയിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഗവേഷകർക്ക് വളരെ സഹായകരമാണ്.
- c++ ൽ എഴുതിയത്, STL കണ്ടെയ്നറുകളുടെ ഉപയോഗം
- ജിസിപ്പ് ചെയ്ത ഫയലുകൾ വായിക്കാനും എഴുതാനും കഴിയും
- --fst കമാൻഡ് ഉപയോഗിച്ച് FST കണക്കാക്കാം
- അല്ലീലുകളുടെയും അല്ലീൽ ഡോസുകളുടെയും എണ്ണം ഉപയോഗിച്ച് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ജനിതക തരം ഡാറ്റ വായിക്കാനും എഴുതാനും കഴിയും
- BEAGLE4-ന് ഉപയോഗിക്കുന്ന vcf ഫോർമാറ്റ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
സി ++
https://sourceforge.net/projects/fcgene/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണിത്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.