ഇതാണ് rRNAFinder എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പ്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് rRNAFinder-v1.1.1.zip ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
rRNAFinder എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് OnWorks-നൊപ്പം സൗജന്യമായി ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
rRNAFinder
വിവരണം:
rRNAFinder എന്നത് ഒരു ചെറിയ പെർൾ സോഫ്റ്റ്വെയർ പാക്കേജാണ്, ഇത് ഇൻപുട്ടായി അസംബിൾ ചെയ്ത ജീനോം/മെറ്റാജെനോം കോൺടിഗുകൾ ഉപയോഗിച്ച് റൈബോസോം ആർഎൻഎ ജീനുകളെ സ്വയമേ പ്രവചിക്കാനും വർഗ്ഗീകരിക്കാനും ഉപയോഗിക്കാം. ലിനക്സ് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റത്തിൽ മാത്രമാണ് സോഫ്റ്റ്വെയർ പരീക്ഷിച്ചത്.
പാക്കേജിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്ന "rRNAFinder.pl" പ്രോഗ്രാം, ഇൻപുട്ട് കോൺടിഗുകളിൽ നിന്ന് rRNA ജീനുകളെ തിരിച്ചറിയാൻ arc.hmm, bac.hmm, euk.hmm ഡാറ്റാബേസുകൾക്കെതിരെ nhmmer പ്രോഗ്രാം തിരയുന്നു. പ്രവചിക്കപ്പെട്ട rRNA ജീനുകളിൽ 16S, 18S, 23S, 28S, 5S, 5.8S rRNA ജീനുകൾ ഉൾപ്പെടുന്നു.
"rna2taxon.pl" പ്രോഗ്രാം മുകളിൽ ജനറേറ്റ് ചെയ്ത ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് rRNA ജീൻ സീക്വൻസുകളെ ഇൻപുട്ട് ജീനുകൾക്കായുള്ള ടാക്സോണമിക് അസൈൻമെന്റുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള ഇൻപുട്ടായി സ്വീകരിക്കുന്നു. ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് റീഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത SILVA SSU, LSU ഡാറ്റാബേസുകൾക്കെതിരെ blastn ഉപയോഗിച്ച് ഇൻപുട്ട് rRNA ജീൻ സീക്വൻസുകൾ തിരയുന്നു.
rRNAFinder GitHub റിപ്പോസിറ്ററിയിൽ നിന്നുള്ള README.md ഫയൽ റഫർ ചെയ്യുക https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder ക്രമീകരിക്കുന്നതിനും പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനുമുള്ള നിർദ്ദേശങ്ങൾക്കായി
സവിശേഷതകൾ
- rRNA ജീനുകൾ പ്രവചിക്കുക (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA ജീനുകൾ)
- SILVA SSU, LSU ഡാറ്റാബേസുകൾക്കെതിരായ ബ്ലാസ്റ്റ്ൻ തിരയൽ ഉപയോഗിച്ച് പ്രവചിക്കപ്പെട്ട rRNA ജീനുകളുടെ ടാക്സോണമിക് അസൈൻമെന്റ്
- വേഗതയേറിയതും ഒന്നിലധികം CPU ത്രെഡുകൾ ഉപയോഗിക്കാനും കഴിയും
പ്രേക്ഷകർ
ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം
ഉപയോക്തൃ ഇന്റർഫേസ്
കമാൻഡ്-ലൈൻ
Categories
ഇത് https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.