ഇതാണ് fcGENE എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന വിൻഡോസ് ആപ്പ്: ജനിതക തരം ഫോർമാറ്റ് കൺവെർട്ടറിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് fcgene-1.0.7.zip ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക് സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
fcGENE എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക: OnWorks-നൊപ്പം സൗജന്യമായി ജനിതകരൂപത്തിലുള്ള ഫോർമാറ്റ് കൺവെർട്ടർ.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്‌സൈറ്റിൽ നിന്ന് ഏതെങ്കിലും OS OnWorks ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ ആരംഭിക്കുക, എന്നാൽ മികച്ച Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Windows OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുക.
- 7. നിങ്ങളുടെ Linux വിതരണ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ശേഖരണങ്ങളിൽ നിന്ന് വൈൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുക. ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്‌തുകഴിഞ്ഞാൽ, വൈൻ ഉപയോഗിച്ച് അവ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾക്ക് ആപ്പിൽ ഡബിൾ ക്ലിക്ക് ചെയ്യാം. ജനപ്രിയ വിൻഡോസ് പ്രോഗ്രാമുകളും ഗെയിമുകളും ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യാൻ സഹായിക്കുന്ന വൈനിലൂടെയുള്ള ഫാൻസി ഇന്റർഫേസായ PlayOnLinux നിങ്ങൾക്ക് പരീക്ഷിക്കാവുന്നതാണ്.
ലിനക്സിൽ വിൻഡോസ് സോഫ്റ്റ്‌വെയർ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാനുള്ള ഒരു മാർഗമാണ് വൈൻ, എന്നാൽ വിൻഡോസ് ആവശ്യമില്ല. ഏത് ലിനക്സ് ഡെസ്ക്ടോപ്പിലും നേരിട്ട് വിൻഡോസ് പ്രോഗ്രാമുകൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു ഓപ്പൺ സോഴ്സ് വിൻഡോസ് കോംപാറ്റിബിലിറ്റി ലെയറാണ് വൈൻ. അടിസ്ഥാനപരമായി, വൈൻ ആദ്യം മുതൽ ആവശ്യത്തിന് വിൻഡോസ് വീണ്ടും നടപ്പിലാക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു, അതുവഴി യഥാർത്ഥത്തിൽ വിൻഡോസ് ആവശ്യമില്ലാതെ തന്നെ എല്ലാ വിൻഡോസ് ആപ്ലിക്കേഷനുകളും പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയും.
സ്ക്രീൻഷോട്ടുകൾ:
fcGENE: ജീനോടൈപ്പ് ഫോർമാറ്റ് കൺവെർട്ടർ
വിവരണം:
പ്രധാന ആപ്ലിക്കേഷൻ ഇരട്ടിയാണ്: ആദ്യം ജനിതകരൂപത്തിലുള്ള SNP ഡാറ്റയെ PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE, BIMBBAM എന്നിങ്ങനെയുള്ള വ്യത്യസ്ത ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളുകളുടെ ഫോർമാറ്റുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക, രണ്ടാമത്തേത് കണക്കാക്കിയ ഡാറ്റ PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT, SNPTEST എന്നിങ്ങനെ വ്യത്യസ്ത ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളാക്കി മാറ്റുക.വായിക്കാനാകുന്ന ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ: plink-pedigree (ped and map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle, bimbam. അതുപോലെ ഔട്ട്പുട്ടുകളുടെ എല്ലാത്തരം ആക്ഷേപങ്ങളും അംഗീകരിക്കപ്പെടുന്നു.
fcGENE വഴി ജനറേറ്റ് ചെയ്യാവുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ: plink-പെഡിഗ്രീ, plink-row, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs and bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
കൂടുതൽ അപേക്ഷ:
-?ആവശ്യമായ ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ കമാൻഡുകളുടെയും മറ്റ് ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളിന്റെ കമാൻഡുകളുടെയും ടെംപ്ലേറ്റുകൾ നേടുന്നു
- MAF, HWE & CALLRATE പ്രകാരം ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം.
പ്രധാന പദങ്ങൾ: ജനിതകമാറ്റം, ജനിതകമാതൃക ഫോർമാറ്റ്, ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ഔട്ട്പുട്ട്, PLINK, IMPUTE, MACH, മിനിമാക്, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
സവിശേഷതകൾ
- എസ്എൻപി അടിസ്ഥാനത്തിലും വ്യക്തിഗതമായും ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം ഉണ്ടാക്കാനും ഡാറ്റ ട്രാൻസ്ഫോർമിംഗ് ചെയ്യുമ്പോൾ അയോഗ്യരായ എസ്എൻപികളെയും വ്യക്തികളെയും ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാനും കഴിയും
- ജനിതകമാതൃക SNP ഡാറ്റയുടെ ടു-വേ ഫോർമാറ്റ് പരിവർത്തനം നടത്താൻ കഴിയും (ഉദാ. PLINK -> ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളും ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളുകളും -> PLINK) . ഇതിന് പ്ലിങ്ക് ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത പെഡിഗ്രിയും ബൈനറി ഫയലുകളും വായിക്കാനും എഴുതാനും കഴിയും
- ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ക്വാളിറ്റി സ്‌കോറിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ പ്രേരിപ്പിച്ച SNP-കൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാൻ കഴിയും
- GWA വിശകലന ടൂളുകളുടെ കമാൻഡുകളുടെ ടെംപ്ലേറ്റുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
- ഒരു ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ ടൂളിന്റെ ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് മറ്റൊന്നിലേക്ക് ജനിതകമാതൃക ഡാറ്റ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.
- ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ റഫറൻസുകളെ പ്ലിങ്ക് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക. ജനിതകരൂപത്തിലുള്ള ഡാറ്റയെ റഫറൻസ് പാനലുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ ഇത് സഹായിക്കുന്നു.
- യഥാർത്ഥത്തിൽ മറ്റ് വ്യത്യസ്ത ഫോർമാറ്റുകളിൽ നൽകിയ ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് GenABEL ഫോർമാറ്റിൽ snp ഡാറ്റ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
- മൈനർ അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസിയുടെ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഡോസ് അടങ്ങിയ വ്യത്യസ്ത ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
- സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ജനിതകശാസ്ത്ര മേഖലയിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഗവേഷകർക്ക് വളരെ സഹായകരമാണ്.
- c++ ൽ എഴുതിയത്, STL കണ്ടെയ്‌നറുകളുടെ ഉപയോഗം
- ജിസിപ്പ് ചെയ്ത ഫയലുകൾ വായിക്കാനും എഴുതാനും കഴിയും
- --fst കമാൻഡ് ഉപയോഗിച്ച് FST കണക്കാക്കാം
- അല്ലീലുകളുടെയും അല്ലീൽ ഡോസുകളുടെയും എണ്ണം ഉപയോഗിച്ച് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ജനിതക തരം ഡാറ്റ വായിക്കാനും എഴുതാനും കഴിയും
- BEAGLE4-ന് ഉപയോഗിക്കുന്ന vcf ഫോർമാറ്റ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
സി ++
https://sourceforge.net/projects/fcgene/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണിത്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.