Ini ialah arahan abacas yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
abacas - Sambungan Automatik Berasaskan Algoritma bagi Jujukan Dikumpul
SINOPSIS
abaka -r ref -q qs -p prog [PILIHAN]
OR
abaka -r ref -q psf -e
ref jujukan rujukan dalam satu fail fasta
qs contigs dalam format berbilang fasta
rog Program MUMmer untuk digunakan: 'nucmer' atau 'promer'
psf fail jujukan pseudomolecule/tertib dalam format fasta
PILIHAN
-h penggunaan cetakan
-d gunakan parameter nucmer/promer lalai
-s int panjang minimum perkataan padanan tepat (nucmer lalai = 12, promer lalai
= 4)
-m cetak mengarahkan contigs ke fail dalam format multifasta
-b cetak contigs dalam bin ke fail
-N mencetak pseudomolekul tanpa "N".
-i identiti peratus mimimum int [lalai 40]
-v liputan int mimimum contig [lalai 40]
-V perbezaan liputan contig minimum int [lalai 1]
-l int panjang contig minimum [lalai 1]
-t jalankan tblastx pada contigs yang tidak dipetakan
-g rentetan (nama fail) mencetak kawasan terbongkar (jurang) pada rujukan kepada nama fail
-a tambahkan contigs dalam bin ke pseudomolekul
-o fail output awalan akan mempunyai awalan ini
-P pilih set primer untuk menutup jurang
-f bilangan int tapak mengapit pada kedua-dua belah celah untuk reka bentuk primer (lalai
350)
-R int Run mummer [lalai 1, gunakan -R 0 untuk mengelak daripada berlari]
-e Escape contig ordering iaitu pergi ke reka bentuk primer
-c Urutan rujukan adalah bulat
DESCRIPTION
ABACAS bertujuan untuk menghubungkan (menjajarkan, menyusun, mengorientasikan), memvisualisasikan dan mereka bentuk dengan cepat
primer untuk menutup celah pada contig yang dipasang senapang patah berdasarkan urutan rujukan.
ABACAS menggunakan MUMmer untuk mencari kedudukan penjajaran dan mengenal pasti syntenies contigs yang dipasang
terhadap rujukan. Keluaran kemudiannya diproses untuk menghasilkan pengambilan pseudomolekul
pertindihan contigs dan jurang dalam akaun. ABACAS menjana fail perbandingan yang boleh
digunakan untuk menggambarkan kontig yang teratur dan berorientasikan dalam ACT. Synteny diwakili oleh merah
bar di mana keamatan warna berkurangan dengan nilai identiti peratus yang lebih rendah antara
blok setanding. Maklumat mengenai contigs seperti orientasi, identiti peratus,
liputan dan pertindihan dengan contigs lain juga boleh divisualisasikan dengan memuatkan output yang dikeluarkan
fail ciri pada ACT.
Gunakan abaka dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net