Ini ialah arahan ABYSS yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
ABYSS - kumpulkan bacaan pendek ke dalam contigs
SINOPSIS
ABYSS [OPTION]... FAIL...
DESCRIPTION
Pasang semua fail input, FAIL, yang mungkin dalam FASTA, FASTQ, qseq, eksport, SRA, SAM atau
Format BAM dan boleh dimampatkan dengan gz, bz2 atau xz dan mungkin ditar.
Pengguna yang ingin menjalankan pemasangan penuh dengan ABySS disyorkan untuk menggunakan abyss-pe sebagai mereka
pintu masuk dan bukannya program ABYSS. abyss-pe ialah Makefile yang menyelaraskan banyak
daripada alatan ABySS (termasuk ABYSS) untuk menjalankan saluran paip pemasangan ABySS penuh.
abyss-pe mampu melakukan banyak perkara yang tidak dilakukan oleh ABYSS, seperti memanfaatkannya
maklumat jarak yang disediakan oleh bacaan akhir berpasangan dan bacaan pasangan pasangan.
--kesucian
buang bacaan yang tidak suci [default]
--tiada-kesucian
jangan buang bacaan yang tidak suci
--trim-topeng
potong tapak bertopeng dari hujung bacaan [lalai]
--tiada-trim-topeng
jangan potong tapak bertopeng dari hujung bacaan
-q, --kualiti-trim=TERHAD
memangkas tapak dari hujung bacaan yang kualitinya kurang daripada ambang
-Q, --kualiti topeng=TERHAD
menutup semua asas dalam bacaan yang kualitinya kurang daripada ambang
--kualiti standard
kualiti sifar ialah `!' (33)
lalai untuk fail FASTQ dan SAM
--kualiti-illumina
kualiti sifar ialah `@' (64)
lalai untuk fail qseq dan eksport
-o, --keluar=FAIL
tulis contigs ke FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
saiz k-mer
-t, --trim-panjang=TRIM_LENGTH
panjang maksimum tepi berjuntai untuk dipangkas
-c, --liputan=PERLINDUNGAN
keluarkan contigs dengan liputan min k-mer kurang daripada ambang ini
-b, --buih=N
gelembung pop lebih pendek daripada N bp (lalai: 3*k).
-b0, --tiada-buih
jangan meletop buih
-e, --menghakis=PERLINDUNGAN
menghakis tapak di hujung contigs tumpul dengan liputan kurang daripada ambang ini
-E, --menghakis-helai=PERLINDUNGAN
menghakis tapak di hujung contigs tumpul dengan liputan kurang daripada ambang ini dihidupkan
sama ada helai
--liputan-sejarah=FAIL
rekodkan histogram liputan k-mer dalam FILE
-g, --graf=FAIL
menjana graf dalam format titik
-s, --snp=FAIL
rekod gelembung yang muncul dalam FILE
-v, --verbose
memaparkan keluaran bertele-tele
- membantu paparkan bantuan ini dan keluar
--versi
maklumat versi keluaran dan keluar
Gunakan ABYSS dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net