Ini ialah arahan dawg yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
dawg - pemasangan DNA dengan jurang, simulator jujukan DNA
DESCRIPTION
dawg 1.2-release DNA Assembly With Gaps Hak Cipta © 2004-2009 Reed A. Cartwright
kejap -[scubavhqew?] [-o outputfile] file1 [file2...]
-s: memproses fail secara bersiri [lalai]
-c: memproses fail digabungkan bersama
-u: keluaran tidak buffer
-b: keluaran buffer [lalai]
-q: lumpuhkan laporan ralat dan amaran (senyap)
-e: dayakan laporan ralat [lalai]
-w: dayakan laporan amaran [default]
-v: memaparkan maklumat versi
-h: memaparkan maklumat bantuan
-?: sama seperti -h
-o outputfile: mengatasi nama fail output dalam fail konfigurasi
Dawg akan membaca stdin jika nama fail ialah "-".
FORMAT FAIL
Format fail mengambil satu siri pernyataan dalam bentuk "nama = nilai," di mana
"nama" ialah abjad angka dan nilai boleh menjadi rentetan, nombor, boolean, pokok atau vektor
daripada nilai. Pembolehubah tunggal adalah bersamaan dengan vektor satu entri.
rentetan: "[urutan aksara]"
'[urutan aksara]' """[urutan aksara berbilang baris]""" (rm baris baharu awal dan akhir)
'''[urutan aksara berbilang baris]''' (kp baris baharu awal dan akhir)
nombor: [tanda]digit[.digit][(e|E)[tanda]digit] boolean: benar|pokok palsu: Newick
Format vektor: { nilai, nilai, ...}
PILIHAN
Penerangan Jenis Nama
---------------------------------
Filogeni VT pokok
Skala Pokok
N pekali untuk skala panjang cawangan dengan
Urutan
VS jujukan akar
Panjang VN panjang jujukan akar yang dijana
Kadar VVN kadar evolusi setiap nukleotida akar
Model S model evolusi: GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN
Frekuensi nukleotida VN (ACGT).
Parameter VN Params untuk model evolusi
Lebar N lebar blok untuk indel dan penggabungan semula
Skala skala kedudukan blok VN
Gamma VN pekali varians untuk heterogeniti kadar
Parameter bentuk Alpha VN
Perkadaran Iota VN tapak invarian
GapModel
Model VS pembentukan indel: NB|PL|US
Kadar pembentukan indel Lambda VN
GapParams
Parameter VVN untuk model indel
Reps N bilangan set data untuk output
Fail S keluaran fail
Format S output format: Fasta|Nexus|Phylip|Clustal
GapSingleChar
Jurang keluaran B sebagai satu aksara
GapPlus
B membezakan sisipan daripada pemadaman dalam penjajaran
KeepFlank
N kawasan mengapit yang tidak boleh dipadam N nuk daripada jujukan
KeepEmpty
B mengekalkan lajur kosong dalam penjajaran akhir
Huruf Kecil
B turutan keluaran dalam huruf kecil
Terjemahan
B menterjemah urutan terhasil kepada asid amino
Benih VN pseudo-rawak-nombor-penjana benih (integer)
Keluar.Blok.Kepala
Rentetan S untuk dimasukkan pada permulaan output
Keluar.Blok.Ekor
Rentetan S untuk dimasukkan pada penghujung output
Keluar. Sekat. Sebelum S
rentetan untuk dimasukkan sebelum urutan yang ditetapkan dalam output
Keluar.Sekat.Selepas
Rentetan S untuk dimasukkan selepas urutan yang ditetapkan dalam output
Keluar.Subst
B lakukan penggantian berubah dalam Out.Block.*
Gunakan dawg dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net