Ini ialah command featureCounts yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
featureCounts - program ringkasan bacaan yang sangat cekap dan tepat
PENGGUNAAN
featureCounts [pilihan] -a -o input_file1 [input_file2]
...
Hujah yang diperlukan:
-a
Nama fail anotasi. Format GTF secara lalai. Lihat -F pilihan untuk lebih banyak format.
-o
Nama fail output termasuk kiraan baca. Fail berasingan termasuk ringkasan
statistik hasil pengiraan juga disertakan dalam output (` .ringkasan')
input_files
Senarai fail input dalam format BAM atau SAM. Pengguna tidak perlu menyatakan ia adalah BAM atau
SAT.
Hujah pilihan:
-A
Nama fail yang dipisahkan koma termasuk nama alias kromosom yang digunakan untuk dipadankan
nama kromosom yang digunakan dalam anotasi dengan yang digunakan dalam input BAM/SAM, jika ada
berbeza. Lihat Panduan Pengguna untuk format fail.
-F
Nyatakan format fail anotasi yang disediakan. Format yang boleh diterima termasuk `GTF' dan
`SAF'. `GTF' secara lalai. Lihat Panduan Pengguna untuk penerangan tentang format SAF.
-t
Tentukan jenis ciri dalam anotasi GTF. `exon' secara lalai. Ciri yang digunakan untuk membaca
pengiraan akan diekstrak daripada anotasi menggunakan nilai yang disediakan.
-g
Tentukan jenis atribut dalam anotasi GTF. `gene_id' secara lalai. Ciri-ciri meta yang digunakan
untuk pengiraan bacaan akan diekstrak daripada anotasi menggunakan nilai yang disediakan.
-f Lakukan pengiraan bacaan pada tahap ciri (cth. pengiraan bacaan untuk ekson dan bukannya
gen).
-O Berikan bacaan kepada semua ciri meta bertindih mereka (atau ciri jika -f is
ditentukan).
-s
Lakukan pengiraan bacaan khusus helai. Nilai yang mungkin: 0 (tidak terkandas), 1
(terkandas) dan 2 (terkandas terbalik). 0 secara lalai.
-M Bacaan berbilang pemetaan juga akan dikira. Untuk bacaan berbilang pemetaan, semua yang dilaporkan
penjajaran akan dikira. Teg `NH' dalam input BAM/SAM digunakan untuk mengesan
bacaan berbilang pemetaan.
-Q
Skor kualiti pemetaan minimum yang dibaca mesti dipenuhi untuk dikira. Untuk
bacaan hujung berpasangan, sekurang-kurangnya satu hujung harus memenuhi kriteria ini. 0 secara lalai.
-T
Bilangan benang. 1 secara lalai.
-v Versi keluaran program.
-J Kira bilangan bacaan yang menyokong setiap simpang ekson-ekson. Persimpangan adalah
dikenal pasti daripada bacaan exon-spanning dalam input (mengandungi 'N' dalam CIGAR
tali). Mengira keputusan disimpan ke fail bernama ' .jcounts'
-G
Fail Fasta yang mengandungi genom rujukan yang digunakan dalam menjana input SAM atau
fail BAM. Hujah ini hanya diperlukan semasa melakukan pengiraan simpang.
-R Keluarkan keputusan tugasan terperinci untuk setiap bacaan. Fail teks akan dijana untuk
setiap fail input, termasuk nama bacaan dan meta-ciri/ciri yang dibaca
ditugaskan untuk. Lihat Panduan Pengguna untuk butiran lanjut.
--pertindihan terbesar
Tetapkan bacaan kepada ciri/ciri meta yang mempunyai bilangan pertindihan terbesar
pangkalan.
--minBertindih
Nyatakan bilangan minimum asas bertindih yang diperlukan antara bacaan dan a
meta-ciri/ciri yang dibaca diberikan. 1 secara lalai.
--read2pos <5: 3>
Kurangkan bacaan kepada 5' paling asas atau 3' paling asas. Pengiraan bacaan kemudian dilakukan
berdasarkan asas tunggal bacaan dikurangkan kepada.
--baca Sambungan5 Bacaan dilanjutkan ke hulu oleh asas daripada mereka
hujung 5'.
--baca Sambungan3 Bacaan dilanjutkan ke hulu oleh asas daripada mereka
hujung 3'.
--pecahan
Gunakan kiraan pecahan 1/n, bukannya 1 (satu) kiraan, untuk setiap penjajaran yang dilaporkan
daripada bacaan berbilang pemetaan dalam pengiraan bacaan. n ialah jumlah bilangan penjajaran yang dilaporkan
untuk bacaan berbilang pemetaan. Pilihan ini mesti digunakan bersama dengan pilihan '-M'.
--utama
Kira penjajaran utama sahaja. Penjajaran utama dikenal pasti menggunakan bit 0x100 in
Medan BENDERA SAM/BAM.
--ignoreDup
Abaikan bacaan pendua dalam pengiraan bacaan. Bacaan pendua dikenal pasti menggunakan bit
Ox400 dalam medan BAM/SAM FLAG. Keseluruhan pasangan baca diabaikan jika salah satu bacaan adalah
bacaan pendua untuk data akhir berpasangan.
--countSplitAlignmentsSahaja Kira penjajaran belah sahaja (cth. penjajaran dengan
Rentetan CIGAR yang mengandungi `N'). Contoh penjajaran berpecah ialah bacaan menjangkau ekson
dalam data RNA-seq.
-p Kira serpihan (baca berpasangan) dan bukannya bacaan individu. Untuk setiap pasangan baca, ia
dua bacaan mesti bersebelahan antara satu sama lain dalam input BAM/SAM.
-P Semak kesahihan jarak berpasangan-hujung semasa mengira pasangan baca. guna -d and -D kepada
tetapkan ambang.
-d
Panjang serpihan/templat minimum, 50 secara lalai.
-D
Panjang serpihan/templat maksimum, 600 secara lalai.
-B Kira pasangan baca yang kedua-dua hujungnya berjaya dijajarkan sahaja.
-S
Tentukan orientasi dua bacaan daripada pasangan yang sama, 'fr' secara lalai
(hadapan/undur).
-C Jangan kira pasangan baca yang mempunyai dua hujungnya dipetakan kepada kromosom yang berbeza
atau pemetaan kepada kromosom yang sama tetapi pada helai yang berbeza.
--donotsort
Jangan isih bacaan dalam input BAM/SAM. Ambil perhatian bahawa bacaan daripada pasangan yang sama diperlukan
terletak bersebelahan antara satu sama lain dalam input.
--maxMOp
Bilangan maksimum operasi 'M' dibenarkan dalam rentetan CIGAR . 10 secara lalai. Kedua-duanya
'X' dan '=' dianggap sebagai 'M' dan operasi 'M' bersebelahan digabungkan dalam CIGAR
tali.
Gunakan featureCounts dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net