Ini ialah arahan gmx-potensi yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
potensi gmx - Kira potensi elektrostatik merentasi kotak
SINOPSIS
potensi gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-daripada [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[tidak]w] [-xvg ]
[-d ] [-sl ] [-cb ] [-ini ]
[-tz ] [-[tiada]sfera] [-ng ] [-[tidak] betul]
DESCRIPTION
gmx potensi mengira potensi elektrostatik merentasi kotak. Potensinya ialah
dikira dengan terlebih dahulu menjumlahkan caj setiap keping dan kemudian menyepadukan dua kali daripada ini
pengagihan caj. Sempadan berkala tidak diambil kira. Rujukan daripada
potensi diambil sebagai bahagian kiri kotak. Ia juga mungkin untuk mengira
potensi dalam koordinat sfera sebagai fungsi r dengan mengira taburan cas
dalam kepingan sfera dan dua kali mengintegrasikannya. epsilon_r diambil sebagai 1, tetapi 2 lebih
sesuai dalam banyak kes.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fail indeks
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fail input run xdr mudah alih
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xvg>] (berpotensi.xvg)
fail xvgr/xmgr
-oc [<.xvg>] (caj.xvg)
fail xvgr/xmgr
-daripada [<.xvg>] (field.xvg)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
-d (Z)
Ambil normal pada membran ke arah X, Y atau Z.
-sl (10)
Kira potensi sebagai fungsi panjang kotak, bahagikan kotak dalam nombor ini
kepingan.
-cb (0)
Buang bilangan kepingan pertama kotak ini untuk penyepaduan
-ini (0)
Buang bilangan kepingan terakhir kotak ini untuk penyepaduan
-tz (0)
Terjemahkan semua koordinat mengikut jarak ini ke arah kotak
-[tiada]sfera (tidak)
Kira benda sfera
-ng (1)
Bilangan kumpulan untuk dipertimbangkan
-[tidak] betul (tidak)
Andaikan caj sifar bersih kumpulan untuk meningkatkan ketepatan
DIKENALI ISU
ยท Membuang kepingan untuk penyepaduan seharusnya tidak diperlukan.
Gunakan potensi gmx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net