Ini ialah arahan gmx-trjorder yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-trjorder - Susun molekul mengikut jaraknya ke kumpulan
SINOPSIS
gmx tjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [dicipta ]
[-dalam ] [-[no]com] [-r ] [-[tidak]z]
DESCRIPTION
gmx tjorder menyusun molekul mengikut jarak terkecil kepada atom dalam rujukan
kumpulan atau pada z-koordinat (dengan pilihan -z). Dengan pesanan jarak jauh, ia akan meminta a
kumpulan atom rujukan dan kumpulan molekul. Bagi setiap bingkai trajektori
molekul terpilih akan disusun semula mengikut jarak terpendek antara atom
nombor -dalam dalam molekul dan semua atom dalam kumpulan rujukan. Pusat jisim bagi
molekul boleh digunakan sebagai ganti atom rujukan dengan menetapkan -dalam hingga 0. Semua atom dalam
trajektori ditulis ke trajektori output.
gmx tjorder boleh berguna untuk cth menganalisis n perairan yang paling hampir dengan protein. Dalam itu
kes kumpulan rujukan ialah protein dan kumpulan molekul akan terdiri daripada
semua atom air. Apabila kumpulan indeks bagi n air pertama dibuat, tertib
trajektori boleh digunakan dengan mana-mana program GROMACS untuk menganalisis n perairan terdekat.
Jika fail output ialah a .pdb fail, jarak ke sasaran rujukan akan disimpan dalam
medan B-factor untuk mewarna dengan contohnya Rasmol.
Dengan pilihan -nshell bilangan molekul dalam kulit jejari -r sekitar
kumpulan rujukan dicetak.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektori: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+jisim(db): tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.xtc/.trr/...>] (ordered.xtc) (Pilihan)
Trajektori: xtc trr hebat g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (Pilihan)
fail xvgr/xmgr
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai apabila t MOD dt = kali pertama (ps)
-xvg
pemformatan plot xvg: xmgrace, xmgr, tiada
dicipta (3)
Bilangan atom dalam molekul
-dalam (1)
Atom yang digunakan untuk pengiraan jarak, 0 ialah COM
-[no]com (tidak)
Gunakan jarak ke pusat jisim kumpulan rujukan
-r (0)
Potongan digunakan untuk pengiraan jarak semasa mengira bilangan molekul dalam
cangkerang di sekeliling cth protein
-[tidak]z (tidak)
Susun molekul pada koordinat z
Gunakan gmx-trjorder dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net