Ini ialah arahan go2fmtp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - alat penukaran dan pembalutnya
SINOPSIS
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologi/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontologi/gene_ontology.obo
DESCRIPTION
menghuraikan mana-mana fail ontologi gaya GO/OBO dan menulis sebagai format yang berbeza
HUJAH
-e ERRFILE
menulis ralat parse dalam XML - lalai kepada STDERR (sepatutnya tiada ralat parse dalam well
fail yang terbentuk)
-p FORMAT
menentukan penghurai yang hendak digunakan; jika tidak dinyatakan, akan membuat tekaan berdasarkan fail
akhiran. Lihat di bawah untuk format
-w|penulis FORMAT
format untuk output - lihat di bawah untuk senarai
-|xslt XSLT
Nama atau nama fail transformasi XSLT
Ini sama ada boleh menjadi laluan mutlak ke fail di mana-mana sahaja pada sistem fail, atau boleh
menjadi nama xslt; cth
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
Jika nama dinyatakan, maka pertama sekali $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl akan dicari; jika
GO_ROOT tidak ditetapkan, maka dir modul perl tempat GO dipasang akan dicari (the
xslts akan dipasang di sini secara automatik jika anda mengikuti proses pemasangan biasa)
-use_cache
Jika suis ini ditentukan, maka mod caching dihidupkan.
Dengan mod caching, kali pertama anda menghuraikan fail, maka fail tambahan akan menjadi
dieksport dalam format khas yang pantas dihuraikan. Fail ini akan mempunyai nama fail yang sama
sebagai fail asal, kecuali ia akan mempunyai akhiran ".cache".
Pada kali seterusnya anda menghuraikan fail, program ini akan menyemak kewujudan secara automatik
daripada fail ".cache". Jika ia wujud, dan lebih terkini daripada fail yang anda nyatakan, ini
dihuraikan sebaliknya. Jika ia tidak wujud, ia dibina semula.
Ini akan membawa peningkatan kelajuan untuk b daripada format output di bawah (seperti
senarai laluan). Kebanyakan format output berfungsi dengan penghuraian berasaskan peristiwa, jadi caching objek membawa
tiada faedah dan sebenarnya akan menjadi lebih perlahan daripada memintas cache
FORMATS
format boleh tulis ialah
pergi_ont
Fail dengan akhiran ".ontology"
Ini menyimpan DAG ontologi
go_def
Fail dengan akhiran ".defs"
go_xref
Rujukan pangkalan data luaran untuk istilah GO
Fail dengan akhiran "2go" (cth ec2go, metacyc2go)
go_assoc
Anotasi gen atau produk gen menggunakan GO
Fail dengan awalan "perkaitan gen."
obo_text
Fail dengan akhiran ".obo"
Ini ialah penggantian format fail baharu untuk format fail rata GO sedia ada. Ia
mengendalikan ontologi, definisi dan xrefs (tetapi bukan persatuan)
obo_xml
Fail dengan akhiran ".obo.xml" atau ".obo-xml"
Ini ialah versi XML bagi format fail rata OBO di atas
prolog
fakta prolog - anda memerlukan penyusun/jurubahasa prolog untuk menggunakan ini. Awak boleh
alasan atas fakta ini menggunakan Obol atau projek Bio-LP yang akan datang
tbl perwakilan jadual mudah (lossy).
ringkasan
boleh digunakan pada kedua-dua fail ontologi dan fail persatuan
senarai laluan
menunjukkan semua laluan ke akar
format burung hantu OWL (lalai: OWL-DL)
OWL ialah format standard W3C untuk ontologi
Anda memerlukan fail XSL daripada pengedaran go-dev penuh untuk menjalankan ini; lihat XML
bahagian dalamhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
perwakilan YAML bagi objek GO::Model::Graph
obj_storable
Longgokan perl GO::Model::Graph object. Anda memerlukan Storable daripada CPAN untuk ini
kerja. Ini bertujuan untuk cache objek pada sistem fail, untuk akses pantas. The
perwakilan obj_storable mungkin tidak mudah alih
text_html
Format output OBO yang diperakui html
godb_prestore
XML yang memetakan terus ke skema hubungan GODB (kemudian boleh dimuatkan menggunakan
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML yang memetakan terus ke skema hubungan Chado (kemudian boleh dimuatkan menggunakan
stag-storenode.pl)
DOKUMENTASI
<http://www.godatabase.org/dev>
Gunakan go2fmtp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net