Ini ialah arahan hmm2emit yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmm2emit - menjana jujukan daripada profil HMM
SINOPSIS
hmm2emit [pilihan] hmmfile
DESCRIPTION
hmm2emit membaca fail HMM daripada hmmfile mengandungi satu atau lebih HMM, dan menjana a
bilangan urutan daripada setiap HMM; atau, jika -c pilihan dipilih, jana satu
konsensus peraturan majoriti. Ini boleh berguna untuk pelbagai aplikasi yang memerlukan a
simulasi jujukan yang konsisten dengan konsensus keluarga jujukan.
Secara lalai, hmm2emit menjana 10 jujukan dan mengeluarkannya dalam format FASTA (tidak sejajar).
PILIHAN
-a Tulis jujukan yang dijana dalam format sejajar (SELEX) dan bukannya FASTA.
-c Ramalkan satu jujukan konsensus peraturan majoriti dan bukannya jujukan pensampelan
daripada taburan kebarangkalian HMM. Sisa yang sangat terpelihara (p >= 0.9 untuk
DNA, p >= 0.5 untuk protein) ditunjukkan dalam huruf besar; yang lain ditunjukkan dalam huruf kecil.
Sesetengah keadaan sisipan mungkin menjadi sebahagian daripada konsensus peraturan majoriti, kerana keadaan itu
digunakan dalam >= 50% daripada jujukan yang dijana; apabila ini berlaku, masukkan sisa yang dihasilkan
hanya ditunjukkan sebagai "x".
-h Cetak bantuan ringkas; termasuk nombor versi dan ringkasan semua pilihan, termasuk
pilihan pakar.
-n Menjana urutan. Lalai ialah 10.
-o Simpan urutan sintetik ke fail daripada menulisnya ke stdout.
-q Senyap; menyekat semua output kecuali urutan itu sendiri. Berguna untuk paip
atau mengarahkan output.
EXPERT PILIHAN
--benih
Tetapkan benih rawak kepada , di mana ialah integer positif. Lalai adalah untuk menggunakan
masa() untuk menjana benih yang berbeza untuk setiap larian, yang bermaksud dua yang berbeza
lari daripada hmm2emit pada HMM yang sama akan memberikan hasil yang sedikit berbeza. Anda boleh gunakan
pilihan ini untuk menjana hasil yang boleh dihasilkan semula.
Gunakan hmm2emit dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net