Ini ialah arahan hmm2fetch yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmm2fetch - dapatkan HMM daripada pangkalan data HMM
SINOPSIS
hmm2fetch [pilihan] pangkalan data nama
DESCRIPTION
hmm2fetch ialah utiliti kecil yang mendapatkan semula HMM yang dipanggil nama daripada pangkalan data model HMMER
dipanggil pangkalan data. dalam format baharu dan mencetak model tersebut kepada output standard. Sebagai contoh,
hmm2fetch Pfam rrm mendapatkan semula model RRM (motif pengecaman RNA) daripada Pfam, jika
pembolehubah persekitaran HMMERDB ditetapkan ke lokasi pangkalan data Pfam. Yang diambil semula
Fail HMM ditulis dalam format HMMER 2 ASCII.
Pangkalan data mesti mempunyai fail indeks GSI yang berkaitan. Untuk mengindeks pangkalan data HMM, gunakan
program hmm2index.
PILIHAN
-h Cetak bantuan ringkas; termasuk nombor versi dan ringkasan semua pilihan, termasuk
pilihan pakar.
-n Tafsirkan nama sebagai nombor HMM dan bukannya nama. Penomboran bermula pada 0. Untuk
contoh, untuk mengambil HMM pertama daripada pangkalan data HMM yang dipanggil foo, anda akan lakukan
hmm2fetch -n 0 foo.
Gunakan hmm2fetch dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net