Ini ialah arahan hmmemit yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
hmmemit - jujukan sampel daripada profil HMM
SINOPSIS
hmmemit [pilihan] hmmfile
DESCRIPTION
. hmmemit sampel atur cara (memancarkan) jujukan daripada profil HMM(s) dalam hmmfile, dan
menulis mereka untuk output. Urutan pensampelan mungkin berguna untuk pelbagai tujuan,
termasuk mencipta positif benar sintetik untuk penanda aras atau ujian.
Lalai adalah untuk mencuba satu urutan tidak sejajar daripada model kebarangkalian teras, yang
bermakna setiap jujukan terdiri daripada satu domain panjang penuh. Sebagai alternatif, dengan -c
pilihan, anda boleh mengeluarkan jujukan konsensus peraturan majoriti mudah; atau dengan -a pilihan, awak
boleh memancarkan penjajaran (dalam hal ini, anda mungkin juga ingin menetapkan -N kepada sesuatu yang lain
daripada lalainya 1 jujukan setiap model).
Sebagai pilihan lain, dengan -p pilihan anda boleh mencuba urutan dari yang dikonfigurasikan sepenuhnya
Profil carian HMMER. Ini bermakna pensampelan `jujukan homolog' mengikut takrifan HMMER,
termasuk jujukan mengapit bukan homolog, penjajaran setempat dan berbilang domain setiap
turutan, bergantung pada model panjang dan mod penjajaran yang dipilih untuk profil.
. hmmfile mungkin mengandungi perpustakaan HMM, yang mana setiap HMM akan digunakan secara bergilir-gilir.
mungkin '-' (sempang), yang bermaksud membaca input ini daripada stdin bukannya fail.
SEMUA ORANG PILIHAN
-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.
-o Arahkan urutan output ke fail , bukannya untuk stdout.
-N Contoh urutan setiap model, bukan hanya satu.
PILIHAN MENGAWAL APA KEPADA EMIT
Lalai adalah untuk sampel N urutan daripada model teras. Sebagai alternatif, anda boleh memilih
satu (dan hanya satu) daripada alternatif berikut.
-a Memancarkan penjajaran untuk setiap HMM dalam hmmfile bukannya pensampelan tidak sejajar
urutan satu demi satu.
-c Mengeluarkan jujukan konsensus peraturan pluraliti, bukannya mensampel jujukan daripada
profil taburan kebarangkalian HMM. Urutan konsensus dibentuk oleh
memilih baki kebarangkalian maksimum pada setiap keadaan padanan.
-C Memancarkan jujukan konsensus peraturan pluraliti yang lebih menarik daripada -c pilihan. Jika maksimum
sisa kebarangkalian mempunyai p minl tunjukkan ia sebagai huruf kecil 'mana-mana' sisa (n atau x); jika
p >= minl dan kurang tunjukkan ia sebagai sisa huruf kecil; dan jika p >= kurang tunjukkan ia sebagai
sisa huruf besar. Tetapan lalai bagi kurang and minl adalah kedua-duanya 0.0, yang
cara -C memberikan output yang sama seperti -c melainkan anda juga menetapkan kurang and minl kepada apa yang anda
mahu.
-p Contohi urutan tidak sejajar daripada profil carian tersirat, bukan daripada teras
model. Model teras hanya terdiri daripada keadaan homolog (antara permulaan
dan keadaan akhir model HMMER Plan7). Profil termasuk N bukan homolog,
keadaan C, dan J, konfigurasi algoritma tempatan/glokal dan uni/multihit, dan
model panjang sasaran. Oleh itu jujukan yang diambil daripada profil mungkin termasuk
bukan homolog serta urutan homolog, dan mungkin mengandungi lebih daripada satu
segmen jujukan homolog. Secara lalai, profil berada dalam mod tempatan berbilang hit, dan
panjang jujukan sasaran dikonfigurasikan untuk L=400.
PILIHAN MENGAWAL PAPARAN DARIPADA PROFIL
Pilihan ini memerlukan anda telah menetapkan -p pilihan.
-L Konfigurasikan model panjang jujukan sasaran profil untuk menjana panjang min
lebih kurang bukannya lalai 400.
--tempatan
Konfigurasikan profil untuk penjajaran tempatan multihit.
--unilocal
Konfigurasikan profil untuk penjajaran setempat unihit (Smith/Waterman).
--glokal
Konfigurasikan profil untuk penjajaran glokal multihit.
--uniglokal
Konfigurasikan profil untuk penjajaran glokal unihit.
PILIHAN MENGAWAL FANCY MUAFAKAT PAPARAN
Pilihan ini memerlukan anda telah menetapkan -C pilihan.
--minl
Menetapkan minl ambang untuk menunjukkan sisa terpelihara lemah sebagai huruf kecil. (0 <=
x <= 1)
--minu
Menetapkan kurang ambang untuk menunjukkan sisa terpelihara dengan kuat sebagai huruf besar. (0
<= x <= 1)
LAIN PILIHAN
--benih
Benih penjana nombor rawak dengan , integer >= 0. Jika adalah bukan sifar, mana-mana
simulasi stokastik akan boleh dihasilkan semula; arahan yang sama akan memberikan yang sama
keputusan. Jika ialah 0, penjana nombor rawak disemai secara sewenang-wenangnya, dan
simulasi stokastik akan berbeza dari larian ke larian arahan yang sama. lalai
ialah 0: gunakan benih sewenang-wenangnya, jadi berbeza hmmemit larian akan menjana berbeza
sampel.
Gunakan hmmemit dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net