Ini ialah arahan idfetch yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
idfetch - dapatkan semula data biologi daripada pelayan NCBI ID1
SINOPSIS
idfetch [-] [-F str] [-G nama fail] [-Q nama fail] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nama fail] [-n] [-o nama fail] [-q str] [-s str] [-t N]
DESCRIPTION
idfetch ialah pelanggan untuk pelayan ID1 NCBI, yang mengandungi pangkalan data beranotasi yang besar
urutan biologi.
PILIHAN
Ringkasan pilihan disertakan di bawah.
- Cetak mesej penggunaan
-F str Tambah jenis ciri yang ditentukan (dibataskan koma); nilai yang dibenarkan ialah CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA dan mikroRNA.
-G nama fail
Fail dengan senarai GI, aksesi (versi), FASTA SeqID untuk dibuang
-Q nama fail
Hasilkan senarai GI mengikut pertanyaan Entrez dalam nama fail; memerlukan -dn or -dp.
-c N Kerumitan maksimum:
0 dapatkan keseluruhan gumpalan (lalai)
1 dapatkan bioseq yang diminati
2 dapatkan set bioseq minimum yang mengandungi bioseq yang diminati
3 dapatkan nuc-prot minimum yang mengandungi bioseq yang diminati
4 dapatkan set pub minimum yang mengandungi bioseq yang diminati
-d str Pangkalan data untuk digunakan (dengan -q, boleh sama ada n untuk nukleotida atau p untuk protein).
-e N Nombor entiti (nombor perolehan) untuk dibuang
-f str SeqId yang diratakan. Format yang mungkin:
jenis([nama][,[penyertaan][,[melepaskan][,versi]]]) sebagai '5(HUMHBB)'
jenis=penyertaan
jenis:nombor
(jenis ialah nombor yang menunjukkan subjenis ASN.1 Seq-id.)
-g N Id GI untuk Entiti tunggal untuk dibuang
-i N Jenis carian:
0 dapatkan Seq-entry (lalai)
1 dapatkan keadaan GI (output kepada stderr)
2 dapatkan SeqIds
3 dapatkan sejarah GI (perubahan urutan sahaja)
4 dapatkan sejarah semakan (sebarang perubahan kepada ASN.1)
-l nama fail
Fail log
-n Keluarkan hanya senarai GI (dengan -q and -Q).
-o nama fail
Nama fail untuk output (lalai = stdout)
-q str Hasilkan senarai gi dengan pertanyaan Entrez. Memerlukan -dn or -dp.
-s str SeqId gaya FASTA DISERTAKAN DALAM PETIKAN. Format:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
gb|acc|loc
emb|acc|loc
pir|acc|nama
sp|acc|nama
tepuk|negara|paten|seq
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|nama
pdb|kemasukan|rantaian
-t N Jenis keluaran:
1 teks ASN.1 (lalai)
2 binari ASN.1
3 GenBank (Seq-entry sahaja)
4 GenPept (Seq-entry sahaja)
5 FASTA (jadual untuk sejarah)
6 markah kualiti (Seq-entry sahaja)
7 Enrez DocSums
8 Pelengkap terbalik FASTA
Gunakan idfetch dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net