Ini ialah perintah insegt yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
insegt - Bersilangan daTa penjujukan Generasi KEDUA dengan anotasi
SINOPSIS
insegt [PILIHAN]
DESCRIPTION
INSEGT ialah alat untuk menganalisis penjajaran bacaan RNA-Seq (hujung tunggal atau hujung berpasangan)
dengan menggunakan anotasi gen.
Input kepada INSEGT ialah fail SAM yang mengandungi penjajaran dan fail yang mengandungi
anotasi genom rujukan, sama ada dalam format GFF atau GTF.
-h, - membantu
Memaparkan mesej bantuan ini.
--versi
Paparkan maklumat versi
Pilihan::
-ro, --baca-output FAIL
Nama fail keluaran untuk keluaran baca, yang mengandungi anotasi dipetakan diikuti dengan
anotasi ibu bapa mereka. Jenis fail yang sah ialah: gff.
-kepada, --anno-output FAIL
Nama fail keluaran untuk ano-output, yang mengandungi anotasi yang serupa dengan GFF
input dan tambahan pula kiraan bacaan yang dipetakan dan ungkapan yang dinormalkan
peringkat dalam RPKM. Jenis fail yang sah ialah: gff.
-to, --tuple-output FAIL
Nama fail output untuk tuple-output, yang mengandungi tuple exon yang disambungkan dengan bacaan atau
pasangan pasangan. Jenis fail yang sah ialah: gff.
-fo, --gabungan-keluaran STR
Nama fail keluaran untuk gabungan-output, yang mengandungi tuple ekson gabungan gen
(Pilihan lanjutan, pada masa ini tiada port keluaran untuk KNIME). Salah seorang gff.
-n, --tuple INT
ntuple Lalai: 2.
-o, --offset-selang INT
Offset kepada selang penjajaran pendek untuk carian. Lalai: 5.
-t, --jurang ambang INT
Ambang untuk jurang yang dibenarkan dalam penjajaran (bukan intron). Lalai: 5.
-c, --kiraan ambang INT
Ambang untuk min. kiraan tupel untuk keluaran. Lalai: 1.
-r, --ambang-rpkm DOUBLE
Ambang untuk min. RPKM tupel untuk output. Lalai: 0.0.
-m, --maks-tuple
Cipta hanya maxTuple (yang merangkumi keseluruhan bacaan).
-e, --tepat-ntuple
Cipta Tuple sahaja dengan panjang tepat n. Secara lalai semua tuple sehingga panjang yang diberikan
dikira (jika -m ditetapkan, -e akan diabaikan).
-u, --orientasi-tidak diketahui
Orientasi bacaan tidak diketahui.
CONTOH
insegt
contoh/penjajaran.sam contoh/anotasi.gff
Jalankan INSEGT pada fail contoh dengan parameter lalai.
insegt -m contoh/penjajaran.sam contoh/anotasi.gff
Jalankan INSEGT pada fail contoh dan hanya hitung maxTuple.
insegt -c 2 contoh/penjajaran.sam contoh/anotasi.gff
Jalankan INSEGT pada fail contoh dan hanya output tuple dengan min. kiraan 2.
VERSION
versi insegt: 1.0 Kemas kini terakhir 2012-09-11
Gunakan insegt dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net