Ini ialah arahan mkdssp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
mkdssp - Kira struktur sekunder untuk protein dalam fail PDB
SINOPSIS
mkdssp [PILIHAN] pdbfile [dsspfile]
DESCRIPTION
. mkdssp program pada asalnya direka oleh Wolfgang Kabsch dan Chris Sander untuk
menyeragamkan tugasan struktur sekunder. DSSP ialah pangkalan data struktur sekunder
tugasan (dan banyak lagi) untuk semua entri protein dalam Protein Data Bank (PDB) dan
mkdssp ialah aplikasi yang mengira entri DSSP daripada entri PDB. Sila ambil perhatian
Bahawa mkdssp tidak tidak meramalkan struktur sekunder.
PILIHAN
Jika anda menyeru mkdssp dengan hanya satu parameter, ia akan ditafsirkan sebagai fail PDB kepada
proses dan output akan dihantar ke stdout. Jika parameter kedua ditentukan ini adalah
ditafsirkan sebagai nama fail DSSP untuk dibuat. Kedua-dua fail input dan output
nama mungkin mempunyai sama ada .gz atau .bz2 sebagai sambungan yang menghasilkan pemampatan yang betul.
-i, --input nama fail
Nama fail a PDB fail berformat yang mengandungi data struktur protein. ini
fail mungkin fail yang dimampatkan oleh gzip atau bzip2.
-o, --pengeluaran nama fail
Nama fail a DSSP fail untuk dibuat. Jika nama fail berakhir dengan .gz atau .bz2 a
fail termampat dibuat.
-v, --verbose
Tulis maklumat diagnostik.
--versi
Cetak nombor versi dan keluar.
-h, - membantu
Cetak mesej bantuan dan keluar. Direktori yang mengandungi skrip parser untuk
Puan.
TEORI
Program DSSP berfungsi dengan mengira tugasan struktur sekunder yang paling mungkin diberikan
struktur 3D protein. Ia melakukan ini dengan membaca kedudukan atom dalam a
protein (rekod ATOM dalam fail PDB) diikuti dengan pengiraan tenaga ikatan H
antara semua atom. Dua ikatan H terbaik untuk setiap atom kemudiannya digunakan untuk menentukan yang paling banyak
kemungkinan kelas struktur sekunder bagi setiap sisa dalam protein.
Ini bermakna anda perlu mempunyai struktur 3D yang penuh dan sah untuk membolehkan protein
hitung struktur sekunder. Tiada keajaiban dalam DSSP, jadi contohnya ia tidak dapat meneka
struktur sekunder untuk protein bermutasi yang anda tidak mempunyai struktur 3D.
DSSP FAIL FORMAT
Bahagian pengepala setiap fail DSSP menerangkan sendiri, ia mengandungi beberapa maklumat
disalin daripada fail PDB dan terdapat beberapa statistik yang dikumpulkan semasa mengira
struktur sekunder.
Separuh kedua fail mengandungi maklumat struktur sekunder yang dikira setiap
sisa. Yang berikut ialah penerangan ringkas untuk setiap lajur.
Tiang Nama Penerangan Produk
────────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────────────────────────── ── ─
# Nombor baki seperti yang dikira oleh mkdssp
RESIDUE Nombor baki seperti yang dinyatakan oleh fail PDB
diikuti dengan pengecam rantai.
AA Kod satu huruf untuk asid amino. Jika ini
huruf kecil ini bermakna ini adalah a
sistein yang membentuk jambatan sulfur dengan
asid amino lain dalam lajur ini dengan yang sama
huruf kecil.
STRUKTUR Ini ialah lajur kompleks yang mengandungi berbilang sub
lajur. Lajur pertama mengandungi surat
menunjukkan struktur sekunder yang diberikan kepada
sisa ini. Nilai yang sah ialah:
Kod Penerangan Produk
H Alpha Helix
B Beta Jambatan
E Strand
G Helix-3
Saya Helix-5
T Pusing
S Bengkok
Yang berikut ialah tiga lajur yang menunjukkan untuk
setiap satu daripada tiga jenis heliks (3, 4 dan 5)
sama ada sisa ini adalah calon dalam membentuk
heliks ini. A > watak menunjukkan ia bermula a
helix, nombor menunjukkan ia berada di dalam a
heliks dan a < watak bermakna ia menamatkan heliks.
Lajur seterusnya mengandungi aksara S jika ini
sisa adalah bengkok yang mungkin.
Kemudian terdapat lajur yang menunjukkan kiraliti
dan ini boleh menjadi positif atau negatif
(iaitu kilasan alfa sama ada positif atau
negatif).
Dua lajur terakhir mengandungi label jambatan beta.
Huruf kecil di sini bermaksud jambatan selari dan dengan itu
huruf besar bermaksud anti selari.
BP1 dan BP2 Calon pasangan jambatan pertama dan kedua, ini
diikuti dengan surat yang menunjukkan helaian.
ACC Kebolehcapaian sisa ini, ini adalah
luas permukaan dinyatakan dalam persegi Ångstrom itu
boleh diakses oleh molekul air.
NH-->O..O-->HN Empat lajur, mereka memberikan untuk setiap sisa
Tenaga ikatan-H dengan sisa lain di mana
sisa semasa adalah sama ada penerima atau penderma.
Setiap lajur mengandungi dua nombor, yang pertama ialah
offset daripada sisa semasa kepada
sisa rakan kongsi dalam ikatan-H ini (dalam DSSP
penomboran), nombor kedua adalah dikira
tenaga untuk ikatan H ini.
TCO Kosinus sudut antara C=O bagi
sisa semasa dan C=O sisa sebelumnya. Untuk
alpha-helices, TCO hampir +1, untuk helaian beta
TCO hampir -1. Tidak digunakan untuk struktur
definisi.
Kappa Sudut ikatan maya (sudut lentur) yang ditakrifkan oleh
tiga atom C-alfa bagi sisa-sisa semasa
- 2, semasa dan semasa + 2. Digunakan untuk menentukan
bengkok (kod struktur 'S').
Sudut kilasan tulang belakang peptida PHI dan PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA dan Z-CA Koordinat C-alpha
SEJARAH
Aplikasi DSSP asal telah ditulis oleh Wolfgang Kabsch dan Chris Sander dalam Pascal.
Versi ini ialah penulisan semula lengkap dalam C++ berdasarkan kod sumber asal. Beberapa pepijat
telah ditetapkan sejak itu dan algoritma telah diubah suai di sana sini.
SEMUA
Kod tersebut sangat memerlukan kemas kini. Perkara pertama yang perlu dilaksanakan ialah
pengecaman yang lebih baik bagi pi-heliks. Penambahbaikan kedua ialah menggunakan bergantung sudut
Pengiraan tenaga ikatan-H.
Gunakan mkdssp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net