Ini ialah arahan vcf-stats yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
vcf-stats - statistik fail VCF
SINOPSIS
vcf-stats [PILIHAN] file.vcf.gz
PILIHAN
-d, --pembuangan
Ambil fail dump sedia ada dan buat semula fail (berfungsi dengan -p)
-f, --penapis
Senarai penapis seperti lajur/medan (sebarang nilai), lajur/medan=bin:maks (kelompok masuk
tong sampah), lajur/medan=nilai (nilai tepat)
-p, --awalan
Awalan fail output. Jika garis miring hadir, direktori akan dibuat.
-s, --sampel
Proses hanya sampel yang disenaraikan, - untuk tiada. Tidak termasuk sampel yang tidak diingini boleh
meningkatkan prestasi dengan ketara.
-h, -?, - membantu
Mesej bantuan ini.
CONTOH
# Kira statistik secara berasingan untuk medan penapis, kualiti dan bukan indels vcf-stats
file.vcf.gz -f PENAPIS,QUAL=10:200,INFO/INDEL=Salah -p keluar/
# Kira statistik untuk semua sampel vcf-stats file.vcf.gz -f FORMAT/DP=10:200 -p keluar/
# Kira statistik hanya untuk sampel NA00001 vcf-stats file.vcf.gz -f
SAMPEL/NA00001/DP=1:200 -p keluar/
vcf-stats file.vcf.gz > perl.dump
Gunakan vcf-stats dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net