Ini ialah arahan WigeoN yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
wigeon - pelaksanaan semula utiliti pengesanan anomali DNA Pintail 16S
DESCRIPTION
WigeoN meneliti pemuliharaan jujukan antara pertanyaan dan rujukan yang dipercayai
turutan, kedua-duanya dalam format penjajaran NAST. Berdasarkan identiti urutan antara pertanyaan
dan jujukan rujukan, terdapat jangkaan jumlah variasi antara penjajaran.
Jika variasi yang diperhatikan adalah lebih besar daripada 95% kuantiti taburan
variasi diperhatikan antara jujukan bukan anomali, maka ia dibenderakan sebagai anomali.
WigeoN ialah pelaksanaan semula berasaskan baris perintah yang fleksibel bagi algoritma Pintail Appl
Mikrobiol Persekitaran. 2005 Dis;7112:7724-36.
WigeoN berguna untuk menandakan chimera dan anomali hanya dalam rRNA 16S panjang penuh hampir
urutan. WigeoN tidak mempunyai sensitiviti dengan jujukan kurang daripada 1000 bp.
Untuk menjalankan WigeoN, anda memerlukan urutan berformat NAST yang dijana oleh utiliti nast-ier.
WigeoN adalah sebahagian daripada suite microbiomeutil.
PILIHAN
Ape Diperlukan:
--query_NAST
fail multi-fasta yang mengandungi urutan pertanyaan dalam format penjajaran
Pilihan:
--db_NAST
db dalam format NAST
--db_FASTA
db dalam format fasta (megablast diformat)
--num_top_hits
lalai 1: hanya menggunakan padanan terbaik tunggal.
--plot
--DEBUG
--exec_dir
cd ke exec_dir sebelum dijalankan
Gunakan WigeoN dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net