Ini ialah apl Linux bernama BisSNP untuk dijalankan di Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai BisSNP-1.0.0.jar. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama BisSNP ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
BisSNP untuk dijalankan di Linux dalam talian
Ad
DESCRIPTION
Sekarang dalam Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNPBisSNP ialah pakej berdasarkan rangka kerja pengurangan peta Genome Analysis Toolkit (GATK) untuk genotaip dalam bisulfit yang dirawat secara besar-besaran selari (Bisulfite-seq, NOMe-seq dan RRBS) pada platform Illumina. Ia menggunakan inferens bayesian dengan sama ada ditentukan secara manual atau dianggarkan secara automatik kebarangkalian metilasi konteks sitosin berbeza (bukan sahaja CpG, CHH, CHG dalam Bisulfite-seq, tetapi juga GCH et.al. dalam penjujukan terawat bisulfit lain) untuk menentukan genotip dan tahap metilasi secara serentak . Ia berfungsi untuk kedua-dua bacaan hujung tunggal dan hujung berpasangan. Kekhususan dan sensitiviti telah disahkan oleh tatasusunan SNP IM Illumina. Dalam data ambang lalai 30X (skor skala Phred > 20), ia boleh mengesan 92.21% SNP heterozigot dengan 0.14% kadar positif palsu Panggilan sitosin bukan sahaja berdasarkan konteks rujukan, jadi ia boleh mengesan konteks sitosin bukan rujukan. Kumpulan Google untuk mendapatkan bantuan: http://goo.gl/zL7Nj
Ciri-ciri
- pemanggil SNP
- pemanggil metilasi
- Bisulfit-seq/NOMe-seq/RRBS
- genotaip
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Barisan arahan
Bahasa Pengaturcaraan
Perl, Jawa
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
