Ini ialah apl Linux bernama EXCAVATOR-tool untuk dijalankan di Linux dalam talian yang keluaran terbaharunya boleh dimuat turun sebagai EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama EXCAVATOR-tool ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN:
EXCAVATOR-alat untuk dijalankan di Linux dalam talian
HURAIAN:
PERHATIAN!!!!!PERHATIAN!!!!!PERHATIAN!!!!!PERHATIAN!!!!!Kami baru-baru ini menerbitkan pada BMC Genomics pakej perisian novel, bernama XCAVATOR, untuk mengenal pasti CNV/CNA daripada eksperimen penjujukan genom keseluruhan bacaan pendek dan panjang (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR boleh didapati secara percuma di http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR ialah pakej perisian baharu untuk pengesanan varian nombor salinan (CNV) daripada data penjujukan keseluruhan exome.
EXCAVATOR telah diterbitkan di Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
######################
PERHATIAN!!!!! Untuk menggunakan alat EXCAVATOR dengan betul, pengguna mesti memuat turun fail kebolehmetaan unik di pautan berikut:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (untuk hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Ciri-ciri
- Penjujukan Generasi Seterusnya
- Varian Nombor Salin
- Penjujukan Seluruh Exome
Bahasa Pengaturcaraan
Perl
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.