Ini ialah apl Linux bernama MethyMer yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama MethyMer ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN:
MethyMer
HURAIAN:
MethyMer ialah alat berasaskan Python yang bertujuan untuk memilih primer khusus untuk penguatan pulau CpG yang lengkap. Kawasan ini sukar dari segi pemilihan primer yang sesuai kerana kerumitan rendah, poliN-, kekayaan CG, dsb.
MethyMer mempunyai sistem pemarkahan yang fleksibel yang mampu memilih primer di kawasan yang bermasalah (cth pulau SpG) dan termasuk ujian kekhususan (berdasarkan penjajaran tali leher terhadap genom yang dirawat bisulfit).
Ia juga menggabungkan data TCGA CpG metilasi (microarrays) dan ekspresi gen (RNA-Seq), serta hasil analisis korelasi ekspresi metilasi untuk 20 jenis kanser manusia.
Data anotasi kawasan genom ENCODE juga disepadukan dalam MethyMer
Ciri-ciri
- memilih kombinasi pasangan primer yang mampu menguatkan pulau CpG lengkap atau kawasan genom sasaran lain;
- sistem pemarkahan yang fleksibel dan boleh tweak
- ujian kekhususan
- data metilasi CpG bersepadu (Illumina Infinium Human Methylation 450K microarrays) untuk 20 jenis tumor, yang diperoleh daripada TCGA
- data kajian persatuan metilasi TCGA RNA-Seq – CpG bersepadu
- visualisasi: plot kandungan CG, plot skor, plot kekhususan primer, anotasi genom ENCODE, data TCGA
Antaramuka pengguna
Konsol/Terminal
Bahasa Pengaturcaraan
Python
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/methymer/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.