Ini ialah apl Linux bernama rRNAFinder yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai rRNAFinder-v1.1.1.zip. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama rRNAFinder ini dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
rRNAFinder
HURAIAN:
rRNAFinder ialah pakej perisian perl kecil, yang boleh digunakan untuk meramal dan mengklasifikasikan gen RNA ribosom secara automatik menggunakan genom/metagenome contigs yang dipasang sebagai input. Perisian ini hanya diuji pada sistem pengendalian Linux.
Program "rRNAFinder.pl" yang disertakan dalam pakej menggunakan carian program nhmmer terhadap pangkalan data arc.hmm, bac.hmm dan euk.hmm untuk mengenal pasti gen rRNA daripada contigs input. Gen rRNA berpredikat termasuk gen rRNA 16S, 18S, 23S, 28S, 5S dan 5.8S.
Program "rna2taxon.pl" menerima jujukan gen rRNA format fasta yang dijana di atas sebagai input untuk menghasilkan tugasan taksonomi untuk gen input. Urutan gen rRNA input dicari terhadap pangkalan data SILVA SSU dan LSU yang dimuat turun dan diformat semula menggunakan blastn.
Sila rujuk fail README.md daripada repositori rRNAFinder GitHub yang terletak di https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder untuk arahan tentang mengkonfigurasi dan menjalankan rRNAFinder
Ciri-ciri
- Ramalkan gen rRNA (gen rRNA 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- Penetapan taksonomi gen rRNA yang diramalkan menggunakan carian blastn terhadap pangkalan data SILVA SSU dan LSU
- Cepat dan boleh menggunakan berbilang utas CPU
Penonton
Sains/Penyelidikan
Antaramuka pengguna
Barisan arahan
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.