Dit is de opdracht autodocktools die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
adt - AutoDockTools, een grafische front-end voor AutoDock
KORTE INHOUD
runAdt [opties]
PRODUCTBESCHRIJVING
Deze man-pagina is een bijna letterlijke vertaling van de output geleverd door runAdt -h
opdracht.
OPTIES
Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden. Raadpleeg voor een volledige beschrijving de
tutorials en documentatie die online beschikbaar is.
-H, --help
Overzicht van opties weergeven.
-a or --opnieuw
laatste logbestand afspelen
--overwriteLogboek
logbestand overschrijven
--uniekLog
maak een logbestand met een unieke naam
--geenLog
logboekregistratie uitschakelen
--geenSplash
zet het opstartscherm uit
--dood gaan start GUI-gebeurtenislus niet
--aanpasser filet
voer het door de gebruiker opgegeven bestand uit
--lib verpakkingsnaam
voeg een bibliotheken met opdrachten toe
-v r, --visie lopen
voer vision-netwerken uit op de opdrachtregel
-v o, --visie eens
voer vision-netwerken uit en verlaat ADT
-d or --dmode modi
specificeer een weergavemodus
modi kunnen elke combinatie van weergavemodus zijn
'cpk' : cpk
'lijnen': lijnen
'ss': lint met secundaire structuur
'sb': stokken en ballen
'lic': drop
'ms': moleculair oppervlak
'ca': C-alfa-spoor
'bt': ruggengraatspoor
'sp': CA-spline
'sssb': secundaire structuur voor eiwitten, sticks en ballen voor
andere residuen met bindingen regels voor andere residuen zonder bindingen
-c or --cmode modi
specificeer een kleurenschema voor de weergavemodus:
'ca': kleur op atoom
'cr': kleur op residu (RASMOL-schema)
'cc': kleur per ketting
'cm': kleur per molecuul
'cdg': kleur volgens het schema van David Goodsell
'cs': kleurresten met behulp van Shapely-schema
'css': kleur per secundair structuurelement
VOORBEELD:
geef eiwit weer als lint, niet-eiwit als stokjes en ballen en kleur op atoomtype
adt -i --dmode sssb --cmode cr mijnprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr mijnprot.pdb
Gebruik autodocktools online met onworks.net-services