bp_unflatten_seqp - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

bp_unflatten_seq - maak een genbank- of genbank-stijl functiebestand oneffen tot een geneste
SeqFeature-hiërarchie

KORTE INHOUD

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS --detail ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --van embl --naar chadoxml -o uit.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --naar asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

PRODUCTBESCHRIJVING

Dit script zal oneffen maken een genbank of genbank-achtig bestand van SeqFeatures in een genest
hiërarchie.

Zie Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

In een GenBank/EMBL-representatie zijn kenmerken 'plat' - er is bijvoorbeeld geen link
tussen een mRNA en een CDS, anders dan impliciete links (bijv. via tags of via splice site
coördinaten) die misschien moeilijk te coderen zijn.

Dit wordt het gemakkelijkst geïllustreerd met het standaard uitvoerformaat, asciiboom

Een unflattened genbank feature set kan er zo uitzien (AB077698)

Volgnummer: AB077698
databank_entry 1..2701[+]
gen
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
exon 80..1144[+]
vijf_prime_UTR 1..79[+]
location_sequence_feature 137..196[+]
location_sequence_feature 239..292[+]
location_sequence_feature 617..676[+]
location_sequence_feature 725..778[+]
drie_prime_UTR 1145..2659[+]
polyA_plaats 1606..1606[+]
polyA_plaats 2660..2660[+]

Of zo (gedeelte van AE003734)

gen
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
exon 52204..53323[-]
exon 53404..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
exon 52204..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]

De unflattening zal ook de insluitingshiërarchie 'normaliseren' (in de zin van
standaardiseren - bijv. ervoor zorgen dat er altijd een transcriptierecord is, zelfs als genbank
specificeert alleen CDS en gen)

Standaard worden de GenBank-typen toegewezen aan SO-typen

Zie Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

COMMAND LINE ARGUMENTEN

-i|invoer BESTAND
invoerbestand (kan ook worden opgegeven als laatste argument)

-van FORMAAT
invoerformaat (standaard ingesteld op genbank)

heeft waarschijnlijk niet zoveel zin om dit te gebruiken voor niet-platte formaten; dwz anders dan
embl/genbank

-naar FORMAAT
uitvoerformaat (standaard ingesteld op asciitree)

zou eigenlijk een formaat moeten zijn dat SeqFeature bewust is genest; Ik denk dat dit het enige is
asciitree, chadoxml en gff3

-gff
met export naar GFF3-formaat (pre-3 GFF's hebben geen zin met niet-afgevlakte sequenties, zoals
ze hebben geen vaste manier om functiegrafieken weer te geven)

-o|uitvoer BESTAND
outfile is standaard ingesteld op STDOUT

-detail
toon extra details over functies (alleen asciitree-modus)

-e|thresh INT
stelt de foutdrempel in op unflattening

standaard zal dit script wiebelen als het rare dingen tegenkomt in de genbank
bestand - verhoog de foutdrempel om aan te geven dat deze moeten worden genegeerd (en gerapporteerd
STDERR)

-nomagisch
onderdruk use_magic bij unflattening (zie Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

-geentypekaart
typetoewijzing onderdrukken (zie Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

ALLES

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener maakt fijnmazige controle over het oneffen maken mogelijk
proces - moet meer opties toevoegen om deze controle op de opdrachtregel mogelijk te maken

FEEDBACK

Mailing lijsten
Gebruikersfeedback is een integraal onderdeel van de evolutie van deze en andere Bioperl-modules. Versturen
uw opmerkingen en suggesties bij voorkeur naar de Bioperl mailinglijst. Uw deelname
wordt zeer op prijs gesteld.

bioperl-l@bioperl.org - Algemene discussie
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Over de mailinglijsten

Rapportage bugs
Rapporteer bugs aan het Bioperl-bugvolgsysteem om ons te helpen de bugs en hun
oplossing. Bugrapporten kunnen via e-mail of internet worden ingediend:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

Gebruik bp_unflatten_seqp online met behulp van onworks.net-services