Dit is de opdracht gmx-potential die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks met behulp van een van onze verschillende gratis online werkstations, zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
gmx-potential - Bereken het elektrostatische potentieel over de doos
KORTE INHOUD
gmx-potentieel [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-van [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[nu] [-xvg ]
[-d ] [-sl ] [-cb ] [-dit ]
[-z ] [-[geen] bolvormig] [-ng ] [-[geen]correct]
PRODUCTBESCHRIJVING
gmx kansen berekent het elektrostatische potentieel over de doos. Het potentieel is
berekend door eerst de kosten per plak op te tellen en vervolgens dit tweemaal te integreren
Ladingsverdeling. Periodieke grenzen worden niet in aanmerking genomen. Referentie van
Het potentieel wordt beschouwd als de linkerkant van de doos. Het is ook mogelijk om de
potentiaal in bolcoördinaten als functie van r door een ladingsverdeling te berekenen
in bolvormige plakjes en twee keer geïntegreerd. epsilon_r wordt als 1 genomen, maar 2 is meer
in veel gevallen passend.
OPTIES
Opties om invoerbestanden op te geven:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexbestand
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Draagbaar xdr voer invoerbestand uit
Opties om uitvoerbestanden te specificeren:
-o [<.xvg>] (potentieel.xvg)
xvgr/xmgr-bestand
-oc [<.xvg>] (lading.xvg)
xvgr/xmgr-bestand
-van [<.xvg>] (veld.xvg)
xvgr/xmgr-bestand
Andere opties:
-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen
-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen
-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)
-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden
-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen
-d (Z)
Neem de normaal op het membraan in richting X, Y of Z.
-sl (10)
Bereken het potentieel als functie van de dooslengte, door de doos in dit aantal te delen
plakjes.
-cb (0)
Gooi dit aantal eerste plakjes van de doos weg voor integratie
-dit (0)
Gooi dit aantal laatste plakjes van de doos weg voor integratie
-z (0)
Vertaal alle coördinaten met deze afstand in de richting van de doos
-[geen] bolvormig (Nee)
Bereken bolvormig dingetje
-ng (1)
Aantal te overwegen groepen
-[geen]correct (Nee)
Ga uit van een netto nullading van de groepen om de nauwkeurigheid te verbeteren
BEKENDE KWESTIES
· Het zou niet nodig moeten zijn om slices weg te gooien voor integratie.
Gebruik gmx-potential online met behulp van onworks.net-services