gmx-rmsdist - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

gmx-rmsdist - Bereken de afstanden van atoomparen gemiddeld met macht -2, -3 of -6

KORTE INHOUD

gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-equivalent [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-gemeen [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-nee [<.dat>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[nu] [-xvg ] [-n niveaus ]
[-max ] [-[nee] som] [-[geen] pbc]

PRODUCTBESCHRIJVING

gmx rmsdist berekent de wortelgemiddelde kwadratische afwijking van atoomafstanden, waarbij de
voordeel dat er geen aanpassing nodig is zoals bij de standaard RMS-afwijking zoals berekend door gmx rms.
De referentiestructuur wordt uit het structuurbestand gehaald. De RMSD op tijdstip t is
berekend als de RMS van de verschillen in afstand tussen atoomparen in de referentie
structuur en de structuur op tijdstip t.

gmx rmsdist kan ook matrices produceren van de rms-afstanden, rms-afstanden geschaald met de
gemiddelde afstand en de gemiddelde afstanden en matrices met NMR-gemiddelde afstanden (1/r^3 en
1/r^6 middeling). Tenslotte lijsten met atoomparen met een gemiddelde afstand van 1/r^3 en 1/r^6
onder de maximale afstand (-max, die in dit geval standaard 0.6 is) kan zijn
gegenereerd, standaard gemiddeld over equivalente waterstofatomen (alle tripletten van waterstofatomen genoemd
*[123]). Bovendien kan een lijst met equivalente atomen worden verstrekt (-equivalent), elke regel
die een reeks equivalente atomen bevat, gespecificeerd als residunummer en -naam en atoomnaam;
bijvoorbeeld:

HB* 3 SER HB1 3 SER HB2

De namen van residuen en atomen moeten exact overeenkomen met die in het structuurbestand, inclusief hoofdlettergebruik.
Het specificeren van niet-opeenvolgende atomen is niet gedefinieerd.

OPTIES

Opties om invoerbestanden op te geven:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traject: xtc TRR cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structuur+massa(db): TPR gro g96 pdb br ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optioneel)
Indexbestand

-equivalent [<.dat>] (equiv.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

Opties om uitvoerbestanden te specificeren:

-o [<.xvg>] (disrmsd.xvg)
xvgr/xmgr-bestand

-rms [<.xpm>] (rmsdist.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-scl [<.xpm>] (rmsscale.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-gemeen [<.xpm>] (rmsmean.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-nmr3 [<.xpm>] (nmr3.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-nmr6 [<.xpm>] (nmr6.xpm) (Optioneel)
X PixMap-compatibel matrixbestand

-nee [<.dat>] (noe.dat) (Optioneel)
Generiek gegevensbestand

Andere opties:

-b (0)
Eerste frame (ps) om van traject te lezen

-e (0)
Laatste frame (ps) om van traject te lezen

-DT (0)
Gebruik frame alleen als t MOD dt = eerste keer (ps)

-[nu (Nee)
Uitvoer bekijken .xvg, .xpm, .eps en .pdb bestanden

-xvg
xvg-plotopmaak: xmgrace, xmgr, geen

-n niveaus (40)
Discretiseer RMS in dit aantal niveaus

-max (-1)
Maximaal niveau in matrices

-[nee] som (Ja)
Gemiddelde afstand over gelijkwaardige waterstofatomen

-[geen] pbc (Ja)
Gebruik periodieke randvoorwaarden bij het berekenen van afstanden

Gebruik gmx-rmsdist online met behulp van onworks.net-services