Dit is de opdracht hmm2align die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
hmm2align - lijn reeksen uit met een HMM-profiel
KORTE INHOUD
hmm2 uitlijnen [Opties] hmm2bestand volgbestand
PRODUCTBESCHRIJVING
hmm2 uitlijnen leest een HMM-bestand uit hmmbestand en een reeks reeksen uit seqbestand, lijnt de uit
sequenties naar het profiel HMM, en voert een uitlijning van meerdere sequenties uit.
volgbestand kan in elk niet-uitgelijnd of uitgelijnd bestandsformaat zijn dat door HMMER wordt geaccepteerd. Als het in een
meerdere uitlijningsformaten (bijv. Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), de bestaande uitlijning
wordt genegeerd (dat wil zeggen, de reeksen worden gelezen alsof ze niet uitgelijnd zijn - hmm2align wordt uitgelijnd
zoals hij wil).
OPTIES
-h Korte hulp afdrukken; inclusief versienummer en overzicht van alle opties, inclusief
deskundige opties.
-m Neem in de uitlijning alleen die symbolen op die zijn uitgelijnd om overeen te komen met de statussen. Niet laten zien
symbolen toegewezen aan invoegstatussen.
-o Uitlijning opslaan in bestand in plaats van naar standaarduitvoer.
-q rustig; onderdruk alle uitvoer behalve de uitlijning zelf. Handig voor leidingen of
het omleiden van de uitvoer.
EXPERT OPTIES
--informeren
Beweer dat de invoer volgbestand is in formaat ; voer het Babelfish-formaat niet uit
automatische detectie. Dit verhoogt de betrouwbaarheid van het programma enigszins, omdat de
Babelfish kan fouten maken; bijzonder aanbevolen voor onbeheerde, hoog-
doorvoerruns van HMMER. Geldige formaatreeksen zijn onder meer FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, Artsen zonder Grenzen, CLUSTAL en PHYLIP. Zie de gebruikershandleiding voor a
complete lijst.
--mapali
Leest een uitlijning uit een bestand en lijnt het uit als een enkel object met de HMM; bijv
de uitlijning erin wordt vast gehouden. Hiermee kunt u reeksen uitlijnen op een model
with hmm2 uitlijnen en bekijk ze in de context van een bestaande vertrouwde meerdere
uitlijning. De uitlijning met de uitlijning wordt gedefinieerd door een "kaart" die wordt bijgehouden in de HMM,
en dus snel en gegarandeerd consistent met de manier waarop de HMM is gebouwd
uit de uitlijning. De uitlijning in het bestand moet precies de uitlijning zijn
waaruit de HMM is opgebouwd. Vergelijk de --met al optie.
--een lijn
Voer de uitlijning uit met één regel per reeks, in plaats van de
sequentie-uitlijningsblokken. Heeft alleen invloed op de uitvoer in Stockholm-formaat.
--uitformatteren
Voer de uitlijning uit in formaat . De standaardinstelling is het Stockholm-formaat. Geldige formaten
omvatten Stockholm, SELEX, Artsen zonder Grenzen, Clustal, Phylip en A2M.
--met al
Leest een uitlijning uit een bestand en lijnt het uit als een enkel object met de HMM; bijv
de uitlijning erin wordt vast gehouden. Hiermee kunt u reeksen uitlijnen op een model
with hmm2 uitlijnen en bekijk ze in de context van een bestaande vertrouwde meerdere
uitlijning. De uitlijning met de uitlijning gebeurt met een heuristische (niet-optimale)
dynamische programmeerprocedure, die enigszins traag kan zijn en niet gegarandeerd is
volledig consistent zijn met de manier waarop de HMM werd gebouwd (hoewel dat zo zou moeten zijn).
redelijk dichtbij). Elke uitlijning kan echter worden gebruikt, niet alleen de uitlijning die de
HMM is opgebouwd uit. Vergelijk de --mapali optie.
Gebruik hmm2align online met behulp van onworks.net-services