hmpgmd - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

hmpgmd - daemon voor het doorzoeken van een eiwitquery in een eiwitdatabase

KORTE INHOUD

hmpgmd [Opties]

PRODUCTBESCHRIJVING

De hmpgmd programma is de daemon die we intern gebruiken voor de hmmer.org-webserver, en
staat in wezen vóór de eiwitzoekprogramma's phmmer, hmmzoekenen hmmscan.

Te gebruiken hmpgmd, moet eerst een instance worden opgestart als een meester server, en voorzien van
tenminste één van a volgorde databank (de ... gebruiken --seqdb vlag) en/of een HMM databank (met behulp van
the --hmmdb vlag). Een sequentiedatabase moet de indeling hmpgmd hebben, wat mogelijk het geval is
geproduceerd met esl-opnieuw formatteren. Een HMM-database heeft de vorm geproduceerd door hmm bouwen. De
invoerdatabase(s) worden door de master in het geheugen geladen. Als de meester klaar is
bij het laden van de database(s), wordt de regel afgedrukt: "Gegevens geladen in het geheugen. Master is gereed."

Pas nadat master gereed is, kunnen een of meer exemplaren van hmmpgmd als werkers worden gestart.
Deze werkers kunnen (en bevinden zich doorgaans) op andere machines dan de master, maar dat moet wel
toegang hebben tot dezelfde databasebestanden die aan de master zijn verstrekt, met hetzelfde pad. Als
met de master laadt elke medewerker de database(s) in het geheugen en geeft hij of zij voltooiing aan
door af te drukken: "Gegevens geladen in geheugen. Werknemer is klaar."

Er wordt verwacht dat de hoofdserver en werkrollen actief blijven. Eén of meerdere klanten dan
maak verbinding met de master en dien mogelijk veel vragen in. De meester verdeelt het werk van
een vraag onder de werknemers stelt, resultaten verzamelt en deze samenvoegt voordat er op wordt gereageerd
cliënt. Er zijn twee voorbeeldclientprogramma's opgenomen in de map HMMER3.1 src - de C
programma hmmc2 en het perl-script hmpgmd_client_voorbeeld.pl. Deze zijn bedoeld als
zijn slechts voorbeelden en moeten indien nodig worden uitgebreid om aan uw behoeften te voldoen.

Een query wordt vanuit de client als tekenreeks naar de master verzonden. Vragen kunnen zijn
het soort dat normaal gesproken zou worden afgehandeld phmmer (eiwitsequentie versus eiwitdatabase),
hmmzoeken (eiwit-HMM-query versus eiwitdatabase), of hmmscan (eiwitquery versus eiwit
HMM-database).

De algemene vorm van een klantquery is om te beginnen met een enkele regel van het formulier @[opties],
gevolgd door meerdere tekstregels die de query HMM of fasta-opmaak vertegenwoordigen
reeks. De laatste regel van elke query is het scheidingsteken //.

Voor het uitvoeren van bijvoorbeeld een phmmer type zoekopdracht van een reeks in een reeksdatabase
bestand, de eerste regel is van het formulier @--seqdb 1en vervolgens de fasta-geformatteerde queryreeks
beginnend met de kopregel >reeksnaam, gevolgd door een of meer opeenvolgende regels,
en tenslotte de afsluiting //.

Om een hmmzoeken type zoeken, wordt de zoekreeks vervangen door de volledige tekst van a
Zoekopdracht in HMMER-formaat HMM.

Om een hmmscan type zoeken, de tekst komt overeen met die van de phmmer type zoeken, behalve
waarnaar de eerste regel verandert @--hmmdb 1.

In het hmpgmd-geformatteerde reeksdatabasebestand kan elke reeks aan één reeks worden gekoppeld
of meer subdatabases. De --seqdb vlag geeft aan welke van deze subdatabases zullen zijn
vroeg. Het HMM-databaseformaat ondersteunt geen subdatabases.

Het resultaat van elke zoekopdracht is een ongedocumenteerde datastructuur in binair formaat. In de toekomst
de gegevens worden geretourneerd in een juiste geserialiseerde structuur, maar voorlopig is dit vereist
het zorgvuldig uitpakken bij de klant. De voorbeeldclients laten zien hoe dit wordt gedaan.

OPTIES

-h Helpen; print een korte herinnering aan het gebruik van de opdrachtregel en alle beschikbare opties.

EXPERT OPTIES

--meester
Uitvoeren als de masterserver.

--arbeider
Voer het uit als een werker en maak verbinding met de hoofdserver die op het IP-adres draait .

--demon
Voer het uit als een daemon met behulp van het configuratiebestand: /etc/hmmpgmd.conf

--cpoort
Poort die moet worden gebruikt voor communicatie tussen clients en de masterserver. De standaard
is 51371.

--wport
Poort die moet worden gebruikt voor communicatie tussen werknemers en de hoofdserver. De standaard
is 51372.

--cccts
Maximaal aantal te accepteren clientverbindingen. De standaardwaarde is 16.

--wccts
Maximaal aantal te accepteren werknemersverbindingen. De standaardwaarde is 32.

--pid
Naam van het bestand waarin de proces-ID wordt geschreven.

--seqdb
Naam van het bestand (in hmpgmd-indeling) dat eiwitsequenties bevat. De inhoud van
dit bestand wordt in de cache opgeslagen voor zoekopdrachten.

--hmmdb
Naam van het bestand dat eiwit-HMM's bevat. De inhoud van dit bestand wordt in de cache opgeslagen
voor zoekopdrachten.

--processor
Aantal parallelle schroefdraden dat moet worden gebruikt (voor --arbeider ).

Gebruik hmpgmd online met behulp van onworks.net-services