Dit is de opdracht idfetch die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
idfetch - haal biologische gegevens op van de NCBI ID1-server
KORTE INHOUD
ID ophalen [-] [-F str] [-G bestandsnaam] [-Q bestandsnaam] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l bestandsnaam] [-n] [-o bestandsnaam] [-q str] [-s str] [-t N]
PRODUCTBESCHRIJVING
ID ophalen is een client voor de ID1-server van NCBI, die een grote database met geannoteerde bestanden bevat
biologische sequenties.
OPTIES
Hieronder vindt u een overzicht van de mogelijkheden.
- Gebruiksbericht afdrukken
-F str Voeg de opgegeven functietypen toe (door komma's gescheiden); toegestane waarden zijn CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA en microRNA.
-G bestandsnaam
Bestand met lijst met GI's, (versieversies) toetredingen, FASTA SeqID's om te dumpen
-Q bestandsnaam
Genereer GI-lijst door Entrez-query in bestandsnaam; vereist -dn or -dp.
-c N Maximale complexiteit:
0 haal de hele blob op (standaard)
1 verkrijg de bioseq van belang
2 verkrijg de minimale bioseq-set die de bioseq van belang bevat
3 verkrijg de minimale nuc-prot die de bioseq van belang bevat
4 verkrijg de minimale pubset met de bioseq van belang
-d str Te gebruiken database (met -q, Kan allebei n voor nucleotiden of p voor eiwitten).
-e N Entiteitsnummer (ophaalnummer) om te dumpen
-f str Afgevlakte SeqId. Mogelijke formaten:
type dan: ([naam][,[toetreding][,[los][,versie]]]) als '5(HUMHBB)'
type dan: =toetreding
type dan: :aantal
( type dan: is een getal dat het subtype ASN.1 Seq-id aangeeft.)
-g N GI-ID voor één entiteit die moet worden gedumpt
-i N Type zoekopdracht:
0 krijg Seq-invoer (standaard)
1 krijg GI-status (uitvoer naar stderr)
2 ontvang SeqIds
3 krijg GI-geschiedenis (alleen volgordewijziging)
4 revisiegeschiedenis ophalen (elke wijziging in ASN.1)
-l bestandsnaam
Logbestand
-n Voer alleen de lijst met GI's uit (met -q en -Q).
-o bestandsnaam
Bestandsnaam voor uitvoer (standaard = stdout)
-q str Genereer een gi-lijst via Entrez-query. Vereist -dn or -dp.
-s str FASTA-stijl SeqId INGESLOTEN IN QUOTES. Formaten:
lcl|int or str
bbs|int
bm|int
gb|ACC|loc
emb|ACC|loc
pi|ACC|naam
sp|ACC|naam
klop|Land|octrooi|seq
g|int
dbj|ACC|loc
pff|ACC|naam
pdb|toegang|keten
-t N Uitgangstype:
1 tekst ASN.1 (standaard)
2 binaire ASN.1
3 GenBank (alleen Seq-invoer)
4 GenPept (alleen Seq-invoer)
5 FASTA (tabel voor geschiedenis)
6 kwaliteitsscores (alleen Seq-invoer)
7 Entrez DocSums
8 FASTA omgekeerde aanvulling
Gebruik idfetch online met behulp van onworks.net-services