Dit is het commando-insegt dat kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
insegt - INkruisende sequencing-gegevens van de tweede generatie met annotatie
KORTE INHOUD
insegt [OPTIES]
PRODUCTBESCHRIJVING
INSEGT is een hulpmiddel voor het analyseren van uitlijningen van RNA-Seq-lezingen (single-end of paired-end)
door gebruik te maken van gen-annotaties.
Invoer voor INSEGT is een SAM-bestand met de uitlijningen en een bestand met de
annotaties van het referentiegenoom, in GFF- of GTF-formaat.
-h, --help
Geeft dit helpbericht weer.
--versie
Weergave versie-informatie
Opties: :
-ro, --lees-uitvoer FILE
Uitvoerbestandsnaam voor leesuitvoer, die de toegewezen annotaties bevat, gevolgd door
hun bovenliggende annotatie. Geldig bestandstype is: gff.
-tot, --anno-uitvoer FILE
Uitvoerbestandsnaam voor anno-uitvoer, die de annotaties bevat die vergelijkbaar zijn met de GFF
invoer en bovendien de tellingen van de toegewezen waarden en de genormaliseerde expressie
niveaus in RPKM. Geldig bestandstype is: gff.
-naar, --tuple-uitvoer FILE
Uitvoerbestandsnaam voor tupel-uitvoer, die exon-tupels bevat die zijn verbonden door lees- of
partnerparen. Geldig bestandstype is: gff.
-NS, --fusie-output STR
Uitvoerbestandsnaam voor fusie-uitvoer, die een exon-tupel van genfusies bevat
(Geavanceerde optie, momenteel geen uitvoerpoort voor KNIME). Eén van gff.
-n, --enkele INT
Tweevoudige standaard: 2.
-o, --offset-interval INT
Offset naar korte uitlijningsintervallen voor zoeken. Standaard: 5.
-t, --drempelverschillen INT
Drempel voor toegestane gaten in uitlijning (geen introns). Standaard: 5.
-c, --drempeltelling INT
Drempel voor min. aantal tuple voor uitvoer. Standaard: 1.
-r, --drempel-rpkm DUBBELE
Drempel voor min. RPKM van tupel voor uitvoer. Standaard: 0.0.
-m, --max-tupel
Maak alleen maxTuple (die wordt overspannen door de gehele leesbewerking).
-e, --exact-nupple
Maak alleen Tupel met exacte lengte n. Standaard alle tuple tot de opgegeven lengte
worden berekend (indien -m is ingesteld, -e zal worden genegeerd).
-u, --onbekende oriëntatie
Oriëntatie van het lezen is onbekend.
Voorbeelden
invoegen
voorbeeld/alignments.sam voorbeeld/annotations.gff
Voer INSEGT uit op voorbeeldbestanden met standaardparameters.
invoegen -m voorbeeld/alignments.sam voorbeeld/annotations.gff
Voer INSEGT uit op voorbeeldbestanden en bereken alleen maxTuple.
invoegen -c 2 voorbeeld/alignments.sam voorbeeld/annotations.gff
Voer INSEGT uit op voorbeeldbestanden en voer alleen een tupel uit met een min. telling van 2.
VERSIE
insegt-versie: 1.0 Laatste update 2012-09-11
Gebruik insegt online met behulp van onworks.net-services