Dit is de opdracht vcf-subset die kan worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider van OnWorks met behulp van een van onze meerdere gratis online werkstations zoals Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator of MAC OS online emulator
PROGRAMMA:
NAAM
vcf-subset - maak een subset van het VCF-bestand
KORTE INHOUD
vcf-subset [OPTIES] in.vcf.gz > uit.vcf
OPTIES
-c, --kolommen
Bestand of door komma's gescheiden lijst met kolommen die in het vcf-bestand moeten worden bewaard. Indien bestand: één
kolom per rij
-e, --uitsluiten-ref
Sluit rijen uit die geen varianten bevatten.
-p, --privaat
Druk alleen rijen af waarvan alleen de subsetkolommen een alternatief allel dragen.
-r, --vervang-door-ref
Vervang de uitgesloten typen door een referentie-allel in plaats van een punt.
-t, --type
Door komma's gescheiden lijst met varianttypen die kunnen worden opgenomen: SNP's,indels.
-u, --niet aangeroepen houden
Sluit geen rijen uit zonder aanroepen.
-h, -?, --help
Dit hulpbericht.
Voorbeelden
kat in.vcf | vcf-subset -r -t indels -e -c VOORBEELD1 > uit.vcf
Gebruik vcf-subset online met behulp van onworks.net-services