Dit is de Linux-app genaamd mitoMaker om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als mitoMaker_1.14.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download deze app met de naam mitoMaker en voer deze online uit om gratis in Linux online met OnWorks te draaien.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
mitoMaker om online in Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
mitoMaker is een pijplijnscript dat is ontwikkeld om de assemblage en automatische annotatie van mitochondriale genomen te vereenvoudigen, gebaseerd op onbewerkte NGS-lezingen en een optionele doelreferentie.mitoMaker roept bekende assemblers en algoritmen aan, zoals SOAPdenovo, MIRA en blast+ en ontleedt hun resultaten met gemakkelijk leesbare uitvoer, zoals FASTA, GENBANK, SEQUIN, PNG en andere.
Algemene pijplijn:
1-iteratieve De Novo-assemblage, met verschillende k-mer-waarden, in een poging een build samen te stellen die overeenkomt met een gegeven mitochondriaal doelgenoom.
2-zoekt naar alle mitochondriale genkenmerken en circularisatie.
3-stores het beste gevonden resultaat.
4-gebruikt de beste assemblage als ruggengraat voor een op referentie gebaseerde assemblage, met behulp van MIRA en MITObim, in een poging het mitogenoom uit te breiden en hiaten te dichten.
5-annoteert de beste montage en identificeert de begin- en eindpositie van elke functie.
6-maakt een map aan met alle resultaten (PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF en een stats logfile).
Kenmerken
- Automatische annotatie van mitochondriale genomen
- Automatische montage op basis van onbewerkte leesbewerkingen
- Zeer aanpasbaar via de opdrachtregel
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
Python
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mitomaker/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.
