Dit is de Linux app genaamd UniPyRange om te draaien in Linux online waarvan de laatste release gedownload kan worden als UniPyRangeSuite.py. Het kan online gedraaid worden in de gratis hosting provider OnWorks voor werkstations.
Download en gebruik online deze app met de naam UniPyRange om deze gratis online op Linux te kunnen gebruiken met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCREENSHOTS
Ad
UniPyRange om online op Linux te draaien
PRODUCTBESCHRIJVING
Zeer eenvoudig Python-script waarmee u zich de moeite bespaart om de aminozuren/DNA-basen te tellen in fasta-bestanden uit de Uniprot en NCBI RefSeq-database (1, 2).Stel dat u de aminozuursequentie van bereik 128-387 wilt van een eiwit met 1000 aminozuren. Dit script helpt u telfouten te voorkomen door u alleen de opgegeven sequentie in aminozuren en coderende DNA-basenparen (ideaal voor het ontwerpen van amplificatieprimers) van een opgegeven Uniprot-ID te laten zien.
- Vereist BioPython (3) en Bioservices-pakket (4)
(1)
Het UniProt-consortium
UniProt: een hub voor eiwitinformatie
Nucleïnezuren Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: een update over referentiesequenties van zoogdieren. Nucleic Acids Res. 2014 1 jan.;42(1):D756-63.
(3)
Cock PJ et al. Bioinformatica (2009)
(4)
Cokelaer et al, Bioinformatica (2013)
Programmeertaal
Python
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. Het is gehost in OnWorks om het online op een makkelijke manier te kunnen runnen vanaf een van onze gratis Operative Systems.
