Dit is de Linux-app genaamd MIPGen waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als mipgen_v15.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd MIPGen gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
MIPGen
BESCHRIJVING:
Moleculaire interactiepotentiaalgenerator
MIPGEN is een python-programma dat moleculaire interactiepotentiaalroosters berekent
over een bepaald molecuul, dat kan een eiwit of een kleine organische verbinding (medicijn) zijn.
De uitvoer is een reeks rasters met DX-indeling (*.dx) die de gebruiker kan gebruiken
visualiseren met behulp van elk moleculair visualisatieprogramma zoals VMD, PyMol, Chimera...
Lees de documentatie voor meer informatie over afhankelijkheden en gebruik.
Gebruikers zijn welkom om elke bug of verzoek te posten onder het BUGS & REQUEST-menu. (sourceforge-account is vereist).
Voordelen
- Volautomatische MIP-generatie op basis van een eenvoudig PDB-bestand.
- Open source-code. Gebruikers zijn welkom om bij te dragen aan het uitbreiden van de sondes of het verbeteren van de code.
- Bereken op raster gebaseerde moleculaire interactiepotentialen over peptiden en andere macromoleculaire systemen (waarschijnlijk nog steeds traag voor grote systemen)
- Bereken MIP over kleine moleculen
- Aanpasbare sondes. Reeds geïmplementeerd: hydrofobe, H-Bond-donor, H-Bond-acceptor en elektrostatische sondes.
- Automatische toewijzing van atoomtypen aan kleine moleculen en eiwitten door interactie met opensource Antechamber en tLeap van AmbertTools-pakket (http://ambermd.org)
Toehoorders
Wetenschap/onderzoek, geavanceerde eindgebruikers, ontwikkelaars, eindgebruikers/desktop
Gebruikersinterface
Console/terminal
Programmeertaal
Python
Database-omgeving
SQLite
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.