Dit is de Linux-app genaamd rRNAFinder waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als rRNAFinder-v1.1.1.zip. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app genaamd rRNAFinder gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
rRNAFinder
BESCHRIJVING:
rRNAFinder is een klein perl-softwarepakket dat kan worden gebruikt om automatisch de ribosoom-RNA-genen te voorspellen en te classificeren met behulp van de verzamelde genoom-/metagenoomcontigs als invoer. De software is alleen getest op het Linux-besturingssysteem.
Het in het pakket opgenomen programma "rRNAFinder.pl" gebruikt het nhmmer-programma dat zoekt in de databases arc.hmm, bac.hmm en euk.hmm om rRNA-genen te identificeren uit de invoercontigs. De voorspelde rRNA-genen omvatten 16S-, 18S-, 23S-, 28S-, 5S- en 5.8S-rRNA-genen.
Het programma "rna2taxon.pl" accepteert de hierboven gegenereerde rRNA-gensequenties in fasta-formaat als invoer voor het produceren van de taxonomische toewijzingen voor de invoergenen. De ingevoerde rRNA-gensequenties worden met behulp van blastn doorzocht in de gedownloade en opnieuw geformatteerde SILVA SSU- en LSU-databases.
Raadpleeg het README.md-bestand van de rRNAFinder GitHub-repository op https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder voor instructies over het configureren en uitvoeren van rRNAFinder
Voordelen
- Voorspel rRNA-genen (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA-genen)
- Taxonomische toewijzing van de voorspelde rRNA-genen met behulp van blastn-zoekopdracht tegen SILVA SSU- en LSU-databases
- Snel en kan meerdere CPU-threads gebruiken
Toehoorders
Science / Research
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.