Jest to polecenie autodocktools, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
adt - AutoDockTools, graficzny interfejs dla AutoDock
STRESZCZENIE
biegAdt [Opcje]
OPIS
Ta strona podręcznika jest niemal dosłownym tłumaczeniem danych wyjściowych dostarczonych przez biegAdt -h
dowództwo.
OPCJE
Podsumowanie opcji znajduje się poniżej. Aby uzyskać pełny opis, patrz
tutoriale i dokumentacja, które są dostępne online.
-H, --help
Pokaż podsumowanie opcji.
-a or --Ponownie
odtwórz ostatni plik dziennika
--nadpisz dziennik
nadpisać plik dziennika
--unikalny dziennik
utworzyć plik dziennika o unikalnej nazwie
--nieLog
wyłącz logowanie
--noSplash
wyłącz ekran powitalny
--umierać nie uruchamiaj pętli zdarzeń GUI
--konfigurator filet
uruchom plik określony przez użytkownika
--lib nazwapakietu
dodaj biblioteki poleceń
-v r, --wizja biegać
uruchamiać sieci wizyjne w wierszu poleceń
-v o, --wizja pewnego razu
uruchom sieci wizyjne i zamknij ADT
-d or --dtryb Tryby
określić tryb wyświetlania
tryby mogą być dowolną kombinacją trybów wyświetlania
'cpk': cpk
„linie”: linie
„ss”: wstążka struktury drugorzędowej
„sb”: kije i piłki
„lic”: lukrecja
„ms”: powierzchnia molekularna
„ca”: ślad C-alfa
„bt”: ślad szkieletowy
„sp” : splajn CA
„sssb”: struktura drugorzędowa białek, pałeczek i kulek
inne reszty z wiązaniami linie dla innych reszt bez wiązań
-c or --tryb cm Tryby
określ schemat kolorów trybu wyświetlania:
„ca”: kolor według atomu
„cr” : kolor według pozostałości (schemat RASMOL)
„cc”: kolor po łańcuchu
„cm”: kolor według cząsteczki
„cdg”: kolor przy użyciu schematu Davida Goodsella
„cs”: pozostałości koloru przy użyciu schematu Shapely
„css”: kolor według drugorzędnego elementu struktury
PRZYKŁAD:
wyświetlaj białko jako wstążkę, niebiałkowe jako pałeczki i kulki oraz koloruj według typu atomu
adt -i --dmode sssb --cmode cr mójprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr mójprot.pdb
Korzystaj z narzędzi autodocktools online, korzystając z usług onworks.net