gmx-spatial — online w chmurze

PROGRAM:

IMIĘ

gmx-spatial - Oblicz funkcję rozkładu przestrzennego

STRESZCZENIE

gmx przestrzenny [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[teraz] [-[nie]pbc]
[-[nie]div] [-podpal ] [-kosz ] [-złapać ]

OPIS

gmx przestrzenny oblicza funkcję rozkładu przestrzennego i wyprowadza ją w postaci, która może:
być odczytywane przez VMD jako format kostki Gaussian98. Dla układu 32,000 50 atomów i XNUMX ns
trajektorii, SDF można wygenerować w około 30 minut, przy czym większość czasu jest poświęcona
do dwóch biegów przez trjconv które są wymagane do prawidłowego wyśrodkowania wszystkiego. Ten
również zajmuje sporo miejsca (3 kopie pliku trajektorii). Mimo to zdjęcia
są ładne i bardzo pouczające, gdy dopasowany wybór jest prawidłowo wykonany. 3-4 atomy w
Szeroko mobilna grupa (jak wolny aminokwas w roztworze) działa dobrze lub wybierz
szkielet białkowy w stabilnej złożonej strukturze, aby uzyskać SDF rozpuszczalnika i spojrzeć na
uśredniona w czasie powłoka solwatacyjna. Możliwe jest również użycie tego programu do wygenerowania SDF
na podstawie dowolnej współrzędnej kartezjańskiej. Aby to zrobić, po prostu pomiń wstępne gmx
trjconv kroki.

Stosowanie:

1. Używać gmx make_ndx aby utworzyć grupę zawierającą atomy, wokół których chcesz utworzyć SDF

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -ur kompaktowy -pbc Żaden

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -pasować zgnilizna+trans

4. biegnij gmx przestrzenny na c.tng dane wyjściowe kroku #3.

5. Załaduj siatka.kostka w VMD i zobacz jako izopowierzchnię.

Note że systemy takie jak micele będą wymagały gmx trjconv -pbc grupa między krokami 1
i 2.

ostrzeżenia
SDF zostanie wygenerowany dla kostki zawierającej wszystkie pojemniki, które mają kilka niezerowych
okupacja. Jednak przygotowawcze -pasować zgnilizna+trans opcja do gmx trjconv implikuje to
Twój system będzie się obracał i tłumaczył w przestrzeni (aby wybrana grupa
nie). Dlatego zwracane wartości będą ważne tylko dla niektórych regionów
wokół twojej centralnej grupy/współrzędnej, która w pełni pokrywa się z głośnością systemu przez cały czas
cały przetłumaczony/obrócony system w trakcie trajektorii. To zależy od
użytkownika, aby upewnić się, że tak jest.

ryzykowny Opcje
Aby zmniejszyć wymaganą ilość miejsca i czasu, możesz wyprowadzać tylko te współrzędne, które są
do wykorzystania w pierwszym i kolejnych przejazdach gmx trjconv. Pamiętaj jednak, aby
ustaw -złapać opcja na wystarczająco wysoką wartość, ponieważ pamięć jest przydzielana dla pojemników kostek
na podstawie początkowych współrzędnych i -złapać Wartość opcji.

OPCJE

Opcje do określenia plików wejściowych:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktura + masa (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajektoria: xtc tr CPT Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (Opcjonalnie)
Plik indeksu

Inne opcje:

-b (0)
Pierwsza klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-e (0)
Ostatnia klatka (ps) do odczytania z trajektorii

-DT (0)
Używaj ramki tylko wtedy, gdy t MOD dt = pierwszy raz (ps)

-[teraz (Nie)
Zobacz dane wyjściowe .xvg, .xpm, eps i .pdf pliki

-[nie]pbc (Nie)
Użyj okresowych warunków brzegowych do obliczania odległości

-[nie]div (tak)
Oblicz i zastosuj dzielnik dla zajętości bin na podstawie atomów/minimalnej kostki
rozmiar. Ustaw jako TRUE dla wizualizacji i jako FALSE (-nodiv) aby uzyskać dokładne obliczenia
za ramkę

-podpal (-1)
Nie wyświetlaj tej liczby zewnętrznych kostek (wartości dodatnie mogą zmniejszyć granicę)
plamki; -1 zapewnia widoczność zewnętrznej powierzchni)

-kosz (0.05)
Szerokość pojemników (nm)

-złapać (4)
Liczba dodatkowych pojemników w celu zapewnienia właściwej alokacji pamięci

ZNANE ZAGADNIENIA

· Gdy przydzielona pamięć nie jest wystarczająco duża, może wystąpić błąd segmentacji. To jest
zwykle wykrywane, a program zostaje zatrzymany przed usterką podczas wyświetlania ostrzeżenia
wiadomość sugerująca użycie -złapać (Liczba dodatkowych pojemników). Jednakże
program nie wykrywa wszystkich takich zdarzeń. Jeśli napotkasz błąd segmentacji, uruchom go
ponownie ze zwiększonym -złapać wartość.

Korzystaj z gmx-spatial online za pomocą usług onworks.net